1.上消化道出血 为晚期病人重要并发症，发生率10%左右。出血部位多为食管下端和胃底冠状静脉。多由机械损伤、用力过度等而诱发。表现为呕血和黑大便，出血量一般较大。
2.肝性脑病 晚期病人并发肝性脑病多为腹水型。多由于大出血、大量放腹水、过度利尿等诱发。
3.感染 由于患者免疫功能减退、低蛋白血症、门脉高压等，极易并发感染，如病毒性肝炎、伤寒、腹膜炎、沙门菌感染、阑尾炎等。
4.肠道并发症 血吸虫病引起严重结肠病变所致肠腔狭窄，可并发不完全性肠梗阻，以乙状结肠与直肠为多。血吸虫病患者结肠肉芽肿可并发结肠癌。大多为腺癌，恶性程度较低。