牙外伤囊肿病人的治疗，首先要于医院就诊，进行囊肿部位X线片拍摄，确定囊肿的大小、位置，以及涉及到的牙根，需要对在囊肿内的牙根进行根管治疗，消除根管内的炎症，防止囊肿再次复发，而后需要采取手术治疗切除囊肿。
牙外伤囊肿一旦发现应该及时的进行手术治疗，以免引起邻近的牙继续移位和造成咬合紊乱，一般可以术前拍摄x光片以明确囊肿的部位或者是临近组织的关系，还可以采用激光切除囊肿，对于周围组织损伤的轻微，而且术中的病人没有典型的不适。在术中还可以采用囊肿大小及部位，按照手术的要求，对病人进行必要的身体常规检查，特别是针对囊肿巨大，而且或者是高龄患者应该做心肝脾肾的检测，以免在术中有什么不良的反应。
手术可以根据囊肿的部位以及大小选择，囊肿较小者可以在唇龈沟做切口，囊肿较大应该对上颌窦挤压移位者按照上颌窦治术来进行治疗，在术前可以选用局麻或者是全麻。手术之后应该使用抗生素冲洗，上颌窦根治术应该在切除囊肿时，并在术腔以穿孔以利于引流，特别是伴随感染者应该逐层的进行缝合切口。