咽鼓管的功能障碍并非局限于对有效振动的影响。当咽鼓管发生持续性功能障碍时，内侧压力就会低于外界压力，即出现负压。此时，中耳腔内内的血清就会随之渗出到中耳腔，形成中耳积液，这就是所谓咽鼓管阻塞。若不及时治疗，可能会发生等一系列病理生理改变。
咽鼓管阻塞的症状
咽鼓管阻塞根据病史和体征，用Valsalva通气法检查正常者，多诊断为此症。最好进行声导抗检查。本症吞咽和呵欠时鼓室压不变，用力捏鼻鼓气时有气体进入鼓室。由于耳膜的凹陷，患者可感觉到声音变得沉闷，并可有并发耳鸣以及鼻塞等表现。由于鼻塞的存在，嗅觉也会受到影响。具体表现如下：
1.保持中耳内外压力平衡。
2.引流中耳分泌物。
3.防止逆行性感染。
4.阻声和消声的作用。
因此当咽鼓管阻塞时这些功能就会失调，出现以下这些症状。咽鼓管阻塞时主要症状为耳闷胀感，听力减退，自声过强及低音调耳鸣，查体可见鼓膜内陷，可有鼓室积液，听力检查示传导性耳聋。
咽鼓管阻塞的并发症
本病常有咽鼓管的感染，故可出现与咽鼓管堵塞相关的一系列并发症，包括间断耳鸣发作，耳膜凹陷。也可兼有乏力、头昏、失眠等症。感染可直接蔓延的中耳以及扁桃体，并发中耳炎的患者，可有耳鸣、耳聋等表现，外耳道有异常分泌物流出。感染扁桃体可造成扁桃腺肿大。
咽鼓管软骨段在解剖上正常，但其机能发生障碍，即咽鼓管咽口被动开放而不能主动开放。与一般炎性水肿所致的咽口阻塞有所区别。
过去都采用中耳负压治疗法治之，如穿刺，插穿引流，仅能获得短暂疗效，不能达到长期治愈。Misurya于1976年首次采用腭帆张肌腱缩短术，即病人取父子卧垂头位，在第三磨牙后内方翼钩处，用1%利多卡因作粘膜下局部浸润麻醉，于翼钩端外侧做2厘米弧形切口，暴露翼钩，并沿翼钩向深层内外两侧剥离出腭帆张肌腱，用3°尼龙线在翼钩两侧穿过腭帆张肌腱，包绕翼钩，予以缩短结扎，一般可缩短0.5厘米，症状多能解除。