牙颌面畸形临床上的治疗方式有很多，如果是先天性原因，应该是由于代谢障碍和内分泌失调造成的。这时可以通过手术方式来矫正，最好能在适合的年龄段来进行手术，同时，要注意定期到医院进行复查，了解畸形的严重性，选择正确的手术方式来改善病情。
牙颌面畸形治疗被分为几种不同形式，由于牙齿和颌面畸形的多样性，其形式更加复杂，这时可以通过矫正牙齿来治疗轻微的牙齿和颌面部畸形。对于严重的牙齿和颌面部畸形需要手术，手术包括几种手术，比如上颌手术和下颌手术，或同时进行上颌骨和下颌骨手术，不过手术比较复杂，这时应该根据模型进行分类，并根据分类采取不同的手术方法。
如果牙颌面畸形表现为上颌骨缩回，上颌骨可能会向前移动，在手术过程中，应该通过手术器械将患者的整个上颌骨与颅骨分开，使上颌骨成为可移动的身体，将其放置在正确的位置，然后使用钛板固定。如果下颌骨的位置不正确，也可以用锯将下颌骨劈开，以人为造成下颌骨骨折，然后再将下颌骨劈开以与上颌骨形成良好的咬合关系。通常进行术后固定，大约需要2-3个月，患者的新鲜骨折可以生长后，恢复正确的形状。其次，由于颌骨畸形类型多种多样，并且手术种类繁多，因此需要根据患者的病情进行单独治疗，并且采用不同的手术治疗方法来恢复患者正确的颌骨形状。
牙颌面畸形发生和不良习惯有关，尤其是经常吸手指或者是咬笔杆，这些不好的行为习惯都会导致孩子发生牙颌面畸形。因此，父母要及时纠正孩子不良的习惯，带孩子到正规的牙科医院治疗。在治疗过程中，要详细的配合牙科医生的建议来改善病情。