感染性心内膜炎的并发症大致可分为两类：心血管本身和其他脏器受累，前者包括心衰、心律失常、心肌和(或)心包脓肿及感染性动脉瘤;后者包括各脏器栓塞和神经精神方面的并发症，分述如下：
1.心力衰竭(简称心衰) 心衰是感染性心内膜炎最常见的并发症，也是致死的主要原因。早期感染性心内膜炎由于瓣膜受累尚轻，心功能多能代偿，随着病情进展，一旦引起瓣膜穿孔或瓣下装置如乳头肌、腱索断裂时，则可引起急性瓣膜关闭不全，或使原有瓣膜病变加剧，导致严重血流动力学紊乱和心脏负荷(尤其是前负荷)加重，常可产生进行性心衰，若不及时处理，因顽固性心衰致死，尤以严重主动脉瓣关闭不全预后最差。一旦确立瓣膜严重损毁的诊断，笔者认为，在积极抗感染、抗心衰(如限制水、钠和强心、利尿、应用血管扩张药等)基础上，应争取早期手术。相反，片面强调内科抗菌治疗，指望内科情况改善或病情稳定后再手术，则往往失去手术时机，因为严重瓣膜损毁药物治疗只能暂时改善心功能，视病情继续内科随访治疗或择期手术矫治为好。感染性心内膜炎并发心衰除上述原因外，感染毒素、心肌炎、心肌脓肿、心律失常，甚至冠脉栓塞引起心肌梗死等等，均可引起和(或)加重心衰，在处理心衰时也应加以考虑，并作相应处理。必须指出，有时虽感染性心内膜炎治愈也可产生进行性心衰，可能与下列因素有关：①感染性心内膜炎受侵犯的心瓣膜因瘢痕挛缩或引起瓣膜扭曲畸形，导致瓣膜启闭功能障碍;②感染性心内膜炎受侵犯过的瓣膜较为脆弱，可随时发生穿孔或破裂;③主动脉瓣膨胀瘤形成，特别是合并主动脉瓣关闭不全时，可影响瓣膜启闭功能，一旦发生上述情况常需手术治疗。
2.心律失常 据统计，有1/3～1/2感染性心内膜炎病人有各种心律失常，当然部分心律失常可能与原有的基础心脏病有关。感染性心内膜炎所致心律失常以室性期前收缩最常见，其次是房颤，而房室传导阻滞和束支传导阻滞较少见，且多发生于累及主动脉瓣的感染性心内膜炎。当感染性心内膜炎并发心衰，尤其是顽固性心衰时，心律失常的发生率也随之增加，尤以室性心律失常最为多见，两者可互为因果而加重病情。不少感染性心内膜炎病人因严重室性心律失常致死，故必须积极治疗。其治疗原则和其他心脏病所致者相似，频发室性期前收缩一般情况下可用胺碘酮0.2g，或美西律0.15～0.2g，均3次/d，待室性期前收缩控制后减量维持。室性心动过速首选利多卡因50～100mg静脉注射，也可用胺碘酮150～250mg加50%葡萄糖20ml静脉注射，必要时电击复律，首次电能为100～150J(焦耳)。室颤时按心脏骤停抢救。感染性心内膜炎并三度或高度房室传导阻滞，引起心排血量明显降低者，应安置临时起搏器，在基层也可用0.5～1mg异丙肾上腺素加入500ml输液内静脉滴注。此外，阿托品、山莨菪碱等也可酌情选用。
3.心肌和(或)心包脓肿 多由金葡菌或其他毒力较强的化脓菌所致。心肌脓肿可多发性或单发性，临床上多见于急性感染性心内膜炎，随病情进展也可由几个脓肿融合成一个大的脓肿，甚至导致心脏穿孔。心包脓肿多由心肌脓肿直接播散、蔓延或破溃入心包腔所致。多发性小灶性心肌脓肿主要针对病因，采用大剂量敏感的抗生素治疗，对单个而巨大的心肌脓肿，在积极内科抗感染基础上，有人主张穿刺引流。心包脓肿可按化脓性心包炎处理，必要时做心包穿刺或切开引流，常能取得较好的疗效。
4.感染性动脉瘤 真菌性感染性心内膜炎最易并发感染性动脉瘤，故多见于年老体弱和换瓣术后病人。偶尔感染性心内膜炎也可引起动脉瘤。动脉瘤可发生于体内任何部位的动脉，但以大动脉和中等动脉尤为重要，尤其是供应心、脑、肾等重要脏器的动脉，可产生相应的局部压迫症状。动脉瘤未破裂前也可无症状，一旦破裂可产生出血性休克或相应脏器供血不足甚至坏死的症状。诊断感染性动脉瘤有赖于提高对本病并发症的认识和提高警惕，必要时应作超声心动图、CT或血管造影确诊。一般而言，动脉瘤未破裂之前对人体影响不会太大，以积极治疗感染性心内膜炎为主，待感染性心内膜炎控制后，视情况作定期随访或择期施行动脉瘤摘除术或血管移植术。对于巨大薄壁动脉瘤，特别是有随时破裂倾向者，应与血管外科医师共同制订治疗方案，必要时尽早施行手术。动脉瘤一旦破裂，预后多较严重，有条件单位可紧急施行手术治疗。
5.脏器栓塞 多为亚急感染性心内膜炎赘生物脱落随血流栓塞动脉所致，临床上以脑、肾、脾等栓塞最为常见，也最为重要，它是导致亚急感染性心内膜炎致死、致残的重要原因。近年来右心感染性心内膜炎有增多趋势，故肺栓塞已引起临床日益关注。一旦发生栓塞，可产生相应脏器供血不足和梗死的临床表现。必须指出，小的栓塞可无症状，临床上很难诊断，有时只能从尸检中发现。此外，脏器栓塞不一定均发生在亚急性感染性心内膜炎活动期，在静止期也可能发生，中山大学第一医院曾遇到1例亚急性感染性心内膜炎已治愈3年，因遗留在主动脉瓣上的赘生物突然脱落导致脑栓塞的病人。因此，亚急性感染性心内膜炎即使治愈，只要心内膜遗留有赘生物，仍有可能引起脏器栓塞之虞。基于绝大多数巨大的心内膜赘生物对抗生素治疗效果差，赘生物深部细菌亦难以杀灭，有人试图通过应用抗凝剂来减小赘生物的体积，以提高抗生素疗效和减少脏器的栓塞，尽管近年来新型抗凝剂不断问世，但抗凝疗法的价值尚待进一步研究。对于已发生栓塞的患者是否应用抗凝剂也无定论。有迹象表明，对于RHIE所致肺栓塞，抗凝剂似有一定疗效，但在应用过程中应密切观察病情，注意出血倾向。对于脾栓塞有人主张脾切除，而四肢动脉栓塞目前已能用手术摘除栓子。
6.神经精神方面的并发症 对于一般性神经精神症状，如头痛、烦躁、眩晕等中毒症状，可对症治疗。脑栓塞所致神经精神症状，其治疗方法基本与其他原因所致脑栓塞相同。