亚急性甲状腺炎是有可能会影响眼睛的，如有甲状腺相关性眼病的患者在甲状腺出现相应问题后就会引起眼睛异常。还有亚急性甲状腺炎引起甲状腺功能亢进症或是甲状腺病毒侵犯到眼部时，也会对眼睛造成一定影响。
出现亚急性甲状腺炎后，会导致患者甲状腺分泌功能受到影响，有可能引起甲状腺功能亢进症，这时就会影响到眼睛，导致眼球后的肌肉收缩，出现眼球突出、凝视，甚至有的可出现眼眶后软组织炎症，让患者有眼睛疼痛、畏光、流泪等不适。
另外亚急性甲状腺炎在发病期间甲状腺毒素会侵犯其他系统，如侵犯到消化系统会出现恶心、呕吐现象，这时如同时侵犯到眼部，也可对眼睛造成影响，可导致患者出现视力下降、眼睛胀痛，严重的甚至可引起视盘水肿、视神经炎等眼睛问题。
亚急性甲状腺炎可在医生指导下选择最合适的药物治疗，一般可用非甾体类药物控制症状。如症状改善不明显，较重的，可用糖皮质激素治疗，症状一好转要及时减量维持。同时要注意日常护理，合理饮食，可多吃含蛋白质及维生素多的食物，忌辛辣刺激之物及烟酒，注意休息，避免过劳。