1.血清学检查乳胶凝集试验在疾病早期即可呈阳性。免疫扩散试验则能区别疾病的活动性与非活动性。对可疑患者采用筛选试验(screeningtest)可以早期发现病人，多用乳胶凝集试验或免疫扩散试验。荧光素标记抗体染色(FA)和补体结合试验也可用于同样的目的。证实试验(confirmationtest)可用于疾病的确诊和预后的判断，多采用补体结合试验。补体结合试验出现阳性的时间比其他试验晚，一般在发病6周或6周以后。滴度1∶32有意义，但少数活动性患者滴度可仅为1∶8或1∶6，故需动态观察。连续检查时若患者滴度持续升高，显示病情发展。补体结合试验与组织胞质菌素皮肤试验同时使用几乎不会遗漏患者。荧光素标记抗体染色还能鉴别培养标本和组织病理中的病原菌，极具临床价值。
2.直接检查血、脓、痰、皮肤黏膜损害刮取物以及淋巴结、肝、脾、骨髓等的抽吸物等制成涂片，以GMS或PAS染色，油镜下可见2～4mm大小的卵圆形孢子，多存在于大单核细胞内。
3.真菌培养荚膜组织胞质菌为双相型真菌，标本接种于沙氏琼脂室温培养为真菌相，菌落生长缓慢，呈白色棉花样，镜检有菌丝和特殊形态的齿轮状孢子，具有传染性。脑心浸膏血琼脂37℃培养呈酵母相，有酵母样菌落生长。镜检孢子直径约1～5µm，卵圆形，可出芽，染色后很像洋葱的切面。
4.组织病理学检查急性播散性患者的肺、肝、脾、骨髓和淋巴结中有大量组织细胞浸润。细胞内外有大量的孢子。非急性病例有上皮样细胞肉芽肿形成。中性粒细胞、淋巴细胞、浆细胞、巨噬细胞和Langerhans巨细胞内也可含有孢子，但数目较少，大小也不一。陈旧损害中大多有组织脑浆菌瘤，内有少量病原菌，周围有纤维化。HE染色见细胞内孢子呈球形，略嗜碱性，外围的晕环为染色时退缩所致而并非真正的荚膜。PSA和GMS染色清楚，呈现圆形或卵圆形酵母样孢子，2～5µm直径。可能有单芽，芽颈细，周围无晕环。
眼底荧光素血管造影检查：仅针对引起视觉症状的CNV。造影早期可见新生血管的形态。组织胞质菌斑根据其色素的改变表现为边界清晰的车轮状的强荧光斑或遮蔽荧光。吲哚青绿血管造影在后极部可出现多发性的强荧光斑。