目前临床上广泛应用根除幽门螺杆菌的方案是标准的三联疗法，随着越来越多的门螺杆菌耐药株出现，而且治疗时间越长，治愈的希望越小，根除幽门螺杆菌越来越困难了，幽门螺旋杆菌根除治疗为何会失败？
1.幽门螺杆菌本身因素
幽门螺杆菌对抗生素产生了耐药性，通过自身的染色体的突变，可以对多种抗生素产生耐药性。尤其是对甲硝唑和克拉霉素耐药的广泛流行，是导致根除治疗失败的重要原因。
2.患者自身的因素
除了幽门螺杆菌的耐药因素，患者的依从性差也是治疗失败的一个常见原因，而且不遵守医嘱规则用药，容易导致幽门螺杆菌产生耐药性，使得以后的治疗更加困难。除了依从性，年龄和性别也会影响根除率，经研究显示，女性患者对甲硝唑及克拉霉素的耐药率明显高于男性，年老的患者更容易对克拉霉素产生耐药。
3.环境因素
据调查发现，幽门螺杆菌的感染与生活习惯有关，人群或家庭的集聚，通过人与人之间的传染，引发幽门螺杆菌再次的感染。还有平时不注意的习惯，比如个人卫生和抽烟喝酒的不良习惯，这也会影响幽门螺杆菌的根除率。
4.治疗方法
任何的一种抗生素单独使用都很难达到根除的效果，而且还容易使幽门螺旋杆菌产生继发性耐药。疗程不足也是导致根除失败的原因之一，疗程足够或者适当延长疗程不但可以提高幽门螺旋杆菌的根除率，而且能够减少抗生素耐药性的产生。还有患者对药物有不良反应如患者对药物过敏或者不能耐受，使患者被迫停药，就不能完成治疗。