新形隐球菌较其他病原微生物容易被发现，脑脊液的墨汁涂片及真菌培养极为重要。鉴于结核性脑膜炎、脑脓肿、部分治疗的化脓性脑膜炎、颅内肿瘤、其他真菌体脑膜炎的脑脊液改变均与隐球菌脑膜炎相似，故是鉴别诊断的重点。隐球菌脑膜炎和结核性脑膜炎及脑肿瘤的鉴别见表1。
表1 隐球菌脑膜炎与结核性脑膜炎及脑肿瘤的鉴别
病名
隐球菌脑膜炎
结核性脑膜炎
脑肿瘤
起病
多缓慢，可呈亚急性
多呈亚急性
慢性
发热
早期不明显，以后多不规则
病程中较早出现发热
多无发热
颅神经受累
视神经病变及乳头水肿多见
视神经乳头水肿少见外展神经受累多见，脉络膜上可见结核结节
以外展神经为多
脑脊液细胞数
轻、中度增多，200／mm3以下多见
中度增多，200～500／mm3
正常或轻度增多
糖
明显减低
多数在20～40mg/dl
正常
蛋白质
轻、中度增加
明显增加
稍有增高，有蛋白细胞分离现象
氯化物
减低
减低
正常
涂片查菌
新形隐球菌
结核杆菌
无
隐球菌抗原检测
阳性
阴性
阴性
脑电图
弥漫性异常
弥漫性异常
多有定位性改变
头颅CT及脑血管造影
无特殊改变
无特殊改变
可有特殊改变
皮肤隐球菌病借损害特征、病理及真菌培养而与粉刺、传染性软疣、皮肤结核、孢子丝菌病或恶性肿瘤相鉴别。
2.肺部隐球菌病应与肺炎双球菌引起的大叶性肺炎、肺结核及肺念珠菌病、肺曲霉病等肺部感染疾病相鉴别。
3.其他隐球菌病皮肤隐球菌病应与孢子丝菌病、着色芽生菌病及各种慢性溃疡相鉴别，骨隐球菌病应与骨肿瘤相鉴别。隐球菌性败血症应与细菌性败血症相鉴别。