(一)治疗
1.抗真菌药物治疗 根据病变部位和患者的免疫状态的不同，隐球菌病的抗病原治疗有差异。无明显免疫缺陷的肺隐球菌病患者通常无需抗真菌治疗而很快自愈。其他部位的隐球菌病，尤其是中枢神经系统隐球菌病和有免疫缺陷的肺隐球病患者，如艾滋病等，或同时有肺外隐球菌病，以及肺隐球菌病进行性加重时，均应进行抗真菌治疗。
(1)两性霉素B：仍是治疗中枢神经系统隐球菌病的首选药物，静脉滴注须从小剂量开始，以后每日递增。对于危重病人还可采用鞘内注射治疗，以提高脑脊液内的药物浓度。常见两性霉素B毒副作用：
①即刻反应：如发热、寒战、头痛、恶心、呕吐及食欲不振。
②重要脏器损害：如肾功能损害，可见于半数患者。尿中出现蛋白，红、白细胞及管型。若血尿素氮超过正常1倍、血清肌酐高于265.2µmol/L时，应减量或停药;肝功能及心肌损害亦较常见，曾有出现心室纤颤而死亡的报道。部分患者出现贫血，偶有血小板及白细胞减少。
③电解质紊乱：其中低钾血症最多。
④静脉炎：见于多次注射后的静脉。孕妇禁用本药。
(2)两性霉素B脂质体：减少了与人体细胞膜上胆固醇的结合，却增加了对真菌外膜上麦角固醇的结合，且脂质体中的两性霉素B缓慢释放进人体内，故降低了两性霉素B的毒副作用，特别是降低了对肾的毒性作用。
适应证：各种严重的系统性真菌病;用传统两性霉素B或其他抗真菌药治疗无效的病人;对传统两性霉素B不能耐受或有禁忌的真菌感染，如肾功能不全、明显的贫血患者等;用于器官移植、骨髓移植等真菌感染的治疗和预防。
(3)氟胞嘧啶：对隐球菌的最低抑菌浓度为0.097～78µg/ml，口服吸收良好，易透过血脑屏障，脑脊液的浓度可达血浓度的64%～68%。可口服或静脉用药。
主要不良反应：食欲不振，恶心、呕吐等消化道症状;肝功能损害，造血系统抑制，对肾功能亦有影响。故主张血药浓度监测，维持在50～100µg/ml的水平为佳。孕妇禁用。
氟胞嘧啶单独应用易产生耐药，多与两性霉素B等联合使用。
(4)氟康唑：为广谱三唑类新型抗真菌药，水溶性好，口服吸收完全，易通过血脑屏障，脑脊液浓度可达血浆浓度的90%。半减期36h，对新型隐球菌的最低抑菌浓度为3.12～6.25µg/m1。一般初用静脉滴注，病情稳定和脑脊液中新型隐球菌阴转后改为口服。本药副作用较轻，发生率约10%，有消化道反应如恶心、呕吐等，其次为皮疹和头痛、头晕、失眠等。
单用氟康唑治疗隐球菌脑膜炎的疗效并不理想，且国外近年陆续有耐药菌株的出现，故本药常用于对两性霉素B和氟胞嘧啶有禁忌、不能耐受或治疗失败者。亦作为长期维持、巩固疗效的用药。氟康唑可与两性霉素B或氟胞嘧啶联合用药，但对其疗效目前尚未达成共识，有待于积累更多的资料。
(5)伊曲康唑：广谱三唑类抗真菌药，口服吸收不佳，不易通过血脑屏障，但在脑组织中的浓度较高。对隐球菌的最低抑菌浓度为0.01～12.5µg/ml。不及氟康唑应用广泛。
2.对症治疗
(1)降低颅内压：常用20%甘露醇，亦可用人体白蛋白、50%葡萄糖加速尿，静脉用药。与甘露醇交替应用，可加强降压效果。对顽固性颅内高压内科治疗无效者，可用脑室引流方法来减压。
(2)纠正电解质紊乱：中枢神经隐球菌病患者，由于应用两性霉素B对肾功能的损害，且大量使用脱水利尿药物，易造成低血钾症，亦可出现低钠和低氯血症，均应及时补充。
3.支持疗法
(1)营养支持：中枢神经系统隐球菌病患者体质不佳，很难耐受时间长、毒副作用明显的抗真菌疗法，是导致不能完成疗程的重要原因。因此，应尽力保证病人的营养需要。对清醒患者鼓励其进食高热量、高蛋白、高维生素食物。不能进食者，经鼻饲或静脉途径提供，辅以白蛋白等血制品，以维持体力。
(2)免疫促进剂治疗：细胞免疫功能障碍常是新型隐球菌致病的基础。可选用如脑腺肽(素)、γ-干扰素等细胞免疫促进剂来辅助治疗。
4.手术治疗 对局限性的皮肤、肺、骨隐球菌病及脑隐球菌肉芽肿等，在抗真菌药物治疗的同时，可采用手术切除的方法来清除病灶，达到根治。
(二)预后
无明显免疫缺陷的肺隐球菌病者，无需抗真菌治疗常能自愈。隐球菌脑病在完成抗真菌治疗后，亦有30%左右不能痊愈。艾滋病患者并发的新型隐球菌性脑膜炎，少有治愈者，通常需终生用药。