HI当与下列疾病鉴别：
1.由交感神经损害引起的虹膜异色交感神经损害可使虹膜脱色，已为动物实验所证实。临床上如Horner综合征、Parry-Romberg综合征。Horner综合征除单眼虹膜异色而无虹膜睫状体炎症迹象外，尚有上睑下垂、眼球内陷、瞳孔缩小、患侧面部皮肤无汗等体征，同时有导致交感神经损害的原因可查(外伤、手术、Pancoast肿块、主动脉瘤、颈内动脉血栓等)，一般易于判别;Parry-Romberg综合征罕见，亦为单眼，眼部病变除无KP外与HI基本相同，可从患侧面部有无肌肉进行性萎缩予以鉴别。
2.单纯虹膜异色症为虹膜发育异常，无炎症，双眼多。
3.其他原因慢性虹膜睫状体炎引起的弥漫性虹膜萎缩可见色素KP、晶状体前囊色素沉着、虹膜后粘连等。
4.有继发性青光眼的HI应与青光眼-睫状体炎综合征(glaucomatocycliticcrisessyndrome)鉴别。二者均属继发性开角性青光眼，但后者KP圆形、较大、在角膜后呈三角形分布，KP之间无细丝样联系，且虹膜无异色。