近年来，小儿咽峡炎一直都是临床中的高发病，专家指出，小儿咽峡炎的症状可与多种小儿高发疾病混淆，因此家长朋友们在发现孩子出现了不适症状后，要及时就医做好检查治疗，一般情况下，咽峡炎需与以下疾病做好鉴别：
1.手足口病：
(1)病原体：这两种疾病均是感染了肠道病毒引起的，而专家指出，疱疹性咽峡炎发病的致病菌主要为柯萨奇A组病毒，而导致手足口病的致病菌以柯萨奇A组16型、肠道病毒71型(EV71)最为多见，严重手足口病的患儿多是感染了EV71引起的。
(2)诊断：疱疹性咽峡炎的患儿仅于悬雍垂的黏膜组织内、口腔咽腭部位或口腔组织内出现疱疹。而手足口病发作后，患儿的手、足、口、臀、膝关节、肘关节等多个部位都会出现斑丘疹、疱疹。这两种疾病均可伴发热或不伴发热。在临床当中总结发现，部分手足口病患儿发作后不会出现口腔疱疹，也可能表现为口腔部位先有疱疹出现。
2.疱疹性口腔炎：这种疾病主要是感染了单纯疱疹病毒Ⅰ型引起的。年龄在1～3岁小儿是高发群体，但这两种疾病的发病季节没有明显得差异，但是疱疹性口腔炎会呈现更大的、持续时间更长的溃疡。而疱疹性咽峡炎引起的疱疹主要在咽部和软腭部位出现，有时可出现在舌但不累及齿龈和颊黏膜，这一症状与疱疹性口腔炎的症状迥异。
3.复发性口疮和Bednar口疮：这种疾病病灶很少发生在咽部，而且患儿一般不会出现全身症状。
通过上述介绍我们就可以知道，小儿咽峡炎需要与三种疾病做好鉴别诊断，最后提醒家长朋友们，小儿咽峡炎虽然具有自愈性，但在为孩子确诊病情后也要在医生指导下进行针对性的治疗，才能够帮助患儿缩短病情，提高恢复的速度。