1.杆菌痢疾 婴儿痢疾表现多不典型。常无脓血便，临床呈一般腹泻的表现，较难鉴别。应注意流行情况，常能问出接触史。排便前常哭闹，显示里急后重。仔细观察可见患儿大便频繁，但每次量不多，有时可见水样便粪质中混有脓血，镜下有较多脓细胞、红细胞和吞噬细胞。而大肠杆菌肠炎每次便量多，一部分每次可达20ml以上，大便中粘液常见，但极少稠脓，偶有少数白细胞与红细胞，应培养鉴别。
2.婴儿出血性肠炎 起病与大肠杆菌肠炎无异，但治疗后腹泻不止且病情加重，腹胀较重，高热、频繁呕吐，重者吐咖啡样物。大便早期呈水样，潜血试验阴性，以后出现典型的暗红色果酱样大便。脱水重，可早期出现休克。中毒症状重者可昏迷、惊厥。
3.“生理性腹泻” 渗出性体质小儿可生后不久即开始排黄绿色稀便，大便次数多，但不吐，食欲好，体重增加正常。到添加辅食后，大便自然恢复正常。