腹泻常导致营养不良、多种维生素缺乏和多种感染。
1.消化道外感染 消化道外感染可能是腹泻的病因，但也常因腹泻后全身抵抗力低下而受感染。常见的有皮肤化脓性感染、泌尿道感染、中耳炎、上呼吸道感染、支气管炎、肺炎、静脉炎和败血症。病毒性肠炎偶有并发心肌炎。
2.鹅口疮 病程迁延或原有营养不良的患儿易并发鹅口疮，尤在长期使用广谱抗生素后更多，如不及时停药，真菌可侵及肠道，甚至引起全身性真菌病。
3.中毒性肝炎 腹泻病程中可出现黄疸，多见于原有营养不良的患儿。可能大肠杆菌引起的肠炎，并发大肠杆菌败血症，导致中毒性肝炎。腹泻后病情很快加重，出现黄疸后很快死亡。但如及早发现及时注射多粘菌素、氨苄或羧苄青霉素，多数可治愈。
4.营养不良和维生素缺乏 腹泻迁延日久，或反复多次禁食、长期热量不足，易导致营养不良、贫血和维A缺乏。久泻致肝功受损，维生素K吸收减少和凝血酶原减低，而致出血。
5.其他 脱水重时可并发急性肾功能衰竭。此外有：中毒性肠麻痹、肠出血、肠穿孔、肠套叠和胃扩张。还可因输液不当引起急性心力衰竭、高钠或低钠血症，或高钾血症。小婴儿呕吐护理不周时可引起窒息。