1.直接检查法急性期可用新鲜血液检查活动的病原虫，或用吉姆萨染色检查厚血涂片，或将血液离心后检查浮于血凝块的上清液，查找锥虫鞭毛体。也可用组织活检，查找假孢囊内的无鞭毛体。
2.动物接种确诊“金指标”。让实验室培养的猎蝽虫吮吸疑为克鲁斯锥虫感染者的血液4～6周后检查猎蝽虫的直肠，可发现锥虫。此法很特异，只要外周血存在极少量的锥虫即可确诊。
3.聚合酶链反应测血液和组织中克鲁斯锥虫特异的DNA片段。应用此法，要10ml血液中有1个锥虫就能发现。与动物接种一样，该法的特异性高达100%，敏感性也很高，甚至可以替代动物接种，但对晚期、慢性Chagas病患者的敏感性尚不理想。
4.血清实验是目前临床上主要的诊断方法，可发现感染者体内存在的抗克鲁斯锥虫抗原的IgG抗体。此种抗体在感染后4～6周出现，并终生存在。尽管此法在诊断上有较高价值，但其滴度与疾病的严重程度并无关系，亦无证据表明抗体对疾病的病程有何影响。常用的方法有：补体结合试验、间接免疫荧光抗体测定以及酶联免疫吸附试验等。电镜检查，找到锥虫，有助确诊。
1.右心室心内膜心肌活检较轻或晚期的病例可采用本法了解心肌损害程度，但通常不会发现锥虫。
2.X线检查可显示巨食管及巨结肠。可发现心脏扩大及特殊的心尖部动脉瘤等征象。