对于孢子丝菌病治疗，一般情况下主要还是采用药物治疗方法，除了皮损局限较小者可选择手术切除，镭射或冷冻治疗;皮损泛发或较大者可内服系统抗真菌药。孢子丝菌病是有由由孢子丝菌引起的深部霉菌病，主要侵犯皮肤，偶尔也可侵犯粘膜，肺、脑膜和其他内脏器官，孢子丝菌病治疗是不容小觑的。
1.外用药
2%碘化钾或0.2%碘溶液可外用;2%球红霉素二甲亚砜透剂，2次/d;两性霉素B250～500mg，二甲亚砜30ml，甘油20ml，水50m1，配制成透剂外用;温热疗法45℃电热器局部加温，3次/d，每次60min，对孤立损害有效。
2.内服药
(1)碘化物：5%～10%碘化钾3g/d，可渐增加到6～8g/d，损害消失可继服2～4周，一般疗程2～3个月。碘化钾饱和液10滴/次，3次/d，可渐增加到40滴，3次/d，一般1周见效，1～2个月可治愈。口服碘化钾有消化不良或恶心、呕吐、胃纳不佳等胃肠道反应时，可用碘化钠1g/d静脉推注。如患者有肺结核，碘化钾不宜应用。
(2)灰黄霉素：效果较差，一般不用。对碘过敏者可考虑，0.8g/d，持续1～3个月。
(3)氟胞嘧啶：按100～200mg/kg体重，直至痊愈。
(4)伊曲康唑：①淋巴管型：100～200mg/d，持续3～6个月;②固定型：50～100mg/d，持续3～6个月。
(5)特比萘芬：2次/d，每次0.25g，一般服1～2个月。
(6)氟康唑：200～400mg/d。
(7)两性霉素B对皮肤淋巴管型及播散型孢子丝菌病可以应用。首次剂量3～5mg，成人可加到30～35mg，持续1～2个月。
随着现在医学的不断发展和进步，抗真菌药物开发与应用的发展越来越普及，这就意味着针对这种疾病有了更多的药物选择，是一个可喜可贺的消息，而且不但原有的抗真菌药物不断开发新的剂型来提高药物的利用率，减少不良反应。最后还得提醒的是对于治疗孢子丝菌病还是一定要到正规医院或是药房购买药品，以免假冒伪劣产品给皮肤带来更多的不适。