(一)治疗
在农村劳动中如遇皮肤损伤，对伤口应该认真处理.。
在抗真菌治疗的同时，应积极治疗原发病并尽可能停用广谱抗生素、糖皮质激素和免疫抑制剂等。还可应用一些免疫增强剂辅助治疗，如胸腺素5mg肌内注射，每2天1次。亦可用转移因子、粒细胞单核细胞集落刺激因子等。皮肤病变可采取局部治疗加药物治疗。系统性感染须全身治疗。
1.药物治疗 皮肤型与皮下组织型暗色丝孢霉病首选伊曲康唑口服100～400mg/d，疗程1～48个月。约半数病人有效。其他药物无效者，也可试用该药。
氟康唑对链格孢霉感染有效，首次剂量为400mg，静脉滴注，以后减至100～200mg/d，一般用药1个月后症状改善，3个月显著改善。
严重的系统感染需用两性霉素B或与氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)联合治疗，但仅对部分病人有效，且颅内感染无效。两性霉素B的用法为，成人初始剂量1～5mg/d，静脉滴注，以后每天增加2.5～5mg，直至0.7mg/(kg·d)。氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)可口服或静脉滴注，常用剂量为每天50～150mg/kg，分3～4次给予，静脉滴注应每次在45 min内滴完。
曾有人试用两性霉素B与酮康唑联合治疗，亦仅对部分病人有效。两性霉素B用法同上，酮康唑为每天400mg口服。
2.手术治疗 孤立的局限性皮损宜早期手术切除。部分病变广泛的皮肤和皮下组织型暗色丝孢霉病，可在全身用药1个月后进行大面积手术切除，术后做自体或异体植皮。孤立的肺部病灶也可考虑手术切除，但这种机会相当少。因为肺部暗色丝孢霉病常伴有其他脏器的病变或有较严重的基础疾病，这些病人往往不宜手术治疗。
3.外用疗法
(一)早期病变的皮损可考虑手术切除。
(二)电凝固、激光、高频电刀等仅适面积较小的损害。
(三)局部温热疗法：鉴于着色协菌在38℃以上即停止生长，故患处局部可使用蜡疗，灯泡局烤等使病变地方湿度达到50～ 60℃，每日一次，每次30分钟，可以获得良好的效果。本疗法最适宜在适宜在农村开展。
(四)二性霉素乙10～50mg，进行局部注射(每5mg 本品加入2%奴夫卡因1ml)。每周一次，坚持3个月，可能奏效。此疗法也可用庐山霉素代替。
(五)局部外用噻苯哒唑二甲基亚砚溶液或10%5-氟胞嘧啶软膏均可望见效。
(二)预后
血源性播散而引起肺部感染，多预后不良。