支原体肺炎好了之后遗留咳嗽可能和疾病未完全恢复、气道高反应性、护理不当、病情复发、其他病原体感染等有关，患者应及时就医检查，明确病因后进行针对性处理，比如保持室内空气流通、药物治疗等。
1.疾病未完全恢复：如果患者体内仍存在部分病灶，就容易引发咳嗽。对于此种情况一般无需担心，可继续遵医嘱使用抗衣原体感染的药物治疗，比如阿奇霉素胶囊、罗红霉素胶囊等，待疾病完全治愈后，症状也可逐渐消失。
2.气道高反应性：支原体肺炎治愈后，气道会有一段时间处于高反应性状态，此时患者可能会出现慢性干咳，受到冷空气刺激时咳嗽会加重，通常不伴随其他表现。对此可以在医生指导下使用改善气道高反应性的药物治疗，比如孟鲁司特钠片、氨茶碱片等。
3.护理不当：病情刚恢复时，由于自身抵抗力比较弱，出门的时候没有佩戴好口罩或者处于空气污染的环境中，会刺激支气管引发咳嗽，通常一段时间后会逐渐缓解。日常生活中患者应加强自身防护，保持室内空气流通，同时适当运动锻炼，以增强自身抵抗力。
4.病情复发：部分患者自身抵抗力比较弱，疾病治愈以后，也容易再次受到支原体感染，导致病情反复发作，就可能引发咳嗽。建议及时去医院完善相关检查，再根据医生指导使用阿奇霉素胶囊、罗红霉素胶囊等药物治疗。
5.其他病原体感染：疾病治愈初期，人体呼吸道抵抗力相对较弱，容易被其他病原体侵袭而受到感染，比如细菌感染、病毒感染等，进而引发咳嗽，同时还可能伴有咳痰、头晕等症状。建议患者遵医嘱给予相应的抗感染治疗，如果为病毒感染，可以使用磷酸奥司他韦胶囊、利巴韦林胶囊等药物，如果为细菌感染，则可选择阿莫西林胶囊、头孢他啶胶囊等药物治疗。
治疗疾病期间，患者需加强保暖，避免再次受凉，同时避免接触其他感染患者，以防引起交叉感染。此外咳嗽或打喷嚏时，应用纸巾遮住口鼻，并及时清洗手部。