支原体感染经常发生于泌尿系统或者生殖道中，这使好多患者在看病时难以启齿。有些患者检查出支原体感染时不敢告诉配偶，怕造成家庭关系的不和谐，这种做法是不对的。当夫妻一方查出支原体感染时，另一方也要做相应检查，以下是支原体检查的常见方法。
1.血常规
周围血白细胞计数一般正常，嗜酸性粒细胞增多。
2.X线检查
衣原体肺炎胸片无特异性，多为单侧下叶浸润，表现为节段性肺炎，严重者呈广泛双侧肺炎。沙眼衣原体肺炎胸片显示双侧广泛间质和肺泡浸润，过度充气征比较常见，偶见大叶实变。
3.直接涂片镜检
取咽分泌物、痰、呼吸道教膜或其他部位标本做涂片，进行GZmesa染色，原体染成红色，始体染成深蓝色。沙眼衣原体包涵体因含有糖原。801染色染成褐色。
4.快速抗原检测
多采用单克隆抗体直接免疫荧光法检测标本中的衣原体，还可应用2I—IsA法加入抗衣原体抗体、酶标抗体18G及底物进行比色定量检测。这两种方法简便敏感。
5.衣原体分离
肺炎衣原体培养最好用Hela细胞或Hep-2细胞，一般取气管或鼻咽吸取物作为临床标本，及时接种。衣原体鉴定多采用Hela细胞或Hep-2细胞培养后通过特异性单克隆荧光抗体法(MFA)，该技术敏感性高，特异性强，如能早期采集标本，可在48小时内获得阳性结果。
6.血清学检查
采用补体结合试验，在恢复期血清抗体效价比急性期血清效价增高4倍或4倍以上，即有诊断意义，但无早期诊断意义。微量免疫荧光法(MrF)适用于沙眼衣原体。
7.PCR技术
普通PCR技术检测肺炎衣原体特异性DNA，具有快速、简便、特异的优点，敏感性高于细胞分离技术，但在检测咽拭于标本中效果不够理想。用套式PCR(nPCR)检测可显著提高其敏感性。
以上几种方法是支原体检查的常用方法，其实现在最简便的方法还可以取患者的分泌物进行支原体培养，然后同时进行药敏试验，如果支原体阳性便可以很直观的显示患者的药敏情况，这样既节省治疗的时间又可以选择性的使用抗生素，对患者的治疗大有益处。