本病需与银屑病、扁平苔藓、鲍温病、假性上皮瘤样增生、角化性棘皮瘤相鉴别。
1.银屑病及扁平苔藓 发生于龟头上银屑病及扁平苔藓可呈红色斑块状浸润。但银屑病多有多层银白色鳞屑，剥除后有筛状出血;扁平苔藓发于龟头者常呈环状，伴有口腔黏膜损害。此外，在身体其他部位可见有银屑病及扁平苔藓损害。组织病理亦可鉴别。
2.鲍温病(Bowen’s disease) 增殖红斑与鲍温病之间难以鉴别。有人认为本病系鲍温病亚型。不同之处为鲍温病除黏膜外，可发于各处皮肤，而本病则只限于黏膜或黏膜皮肤交界处。预后良好，恶变及转移较少。
3.假性上皮瘤样增生(pseudoepitheliomatous hyperplasia) 系由慢性肉芽肿或溃疡等各种原因所致，组织病理可见表皮显著肥厚呈不规则增殖，可侵入真皮深层。有多数核分裂，棘细胞通常分化良好，在表皮肥厚增殖的周围可见炎症细胞浸润。
4.角化性棘皮瘤(keratoacanthoma) 多见于老年，好发于颜面、耳郭及手背等暴露部位，皮损通常为单发的豌豆至蚕豆大孤立性半球状隆起。质硬，境界清晰。顶端可形成火山口状凹陷，充填角栓。生长迅速，吸收后遗留萎缩性瘢痕。
组织病理：表皮增殖明显，可侵入真皮，增殖的棘细胞可见多数核分裂，真皮水肿，有淋巴细胞、嗜酸性细胞、颗粒细胞及少数浆细胞浸润。