1.血常规 常见血白细胞计数增高(>10×109/L)。中性粒细胞数增高，或伴核左移。若白细胞数>20×109/L或<4×109/L，中性粒细胞计数<1×109/L表示病情严重;淋巴细胞减少，绝对计数<1000/dl，CD4<200/dl提示HⅣ感染可能。血小板计数降低应警惕弥漫性血管内凝血可能，应作进一步检查。贫血提示合并慢性疾病或支原体感染可能。
2.血气分析 帮助判断病情严重程度。病员在呼吸空气条件下，动脉血氧分压(PaO2)<60mmHg，伴或不伴PaCO2>50mmHg，或PaO2/FiO2<300。
3.血电解质及肝、肾功能检查等 全面评估病情，及时发现机体内环境紊乱和多脏器功能障碍的出现，及时采取相应抢救措施具有十分重要意义。
4.病原学检查 病原学检查对医院获得性肺炎的诊断提供重要依据，对合理选用抗菌药物进行治疗起关键指导作用。通常采用痰液标本做检查，但痰液标本受上呼吸道分泌物污染，故诊断的敏感性和特异性均不高，近年开展许多减少标本受污染机会的检查方法，如气管穿刺吸引(tracheal aspirate，TA)，支气管肺泡灌洗(bronchoalveolar lavage，BAL)，保护性支气管肺泡灌洗(protected bronchoalveolar lavage，PBAL)，保护性标本刷(protected specimen brush，PSB)，经胸壁针刺抽吸(transthoracic needle aspiration，TNA)，经支气管镜活检(transbronchial biopsy，ITB)，经胸腔镜活检和开胸肺活检(open lung biopsy)等。
(1)痰液：取痰液标本作病原学检查，方法简便，无创伤性，而节省经费，因此应用普遍。但是痰液标本易受上呼吸道分泌物污染，因此可靠性不高，许多研究均发现痰培养结果与保护性刷检和开胸肺活检所得结果不一致。为尽量争取得到较满意的检验结果，采集痰标本前应嘱病人先漱口，然后用力咳出深部痰液，并应对痰液标本作涂片革兰染色，镜检筛选，如镜检是鳞状上皮细胞<10个/低倍视野，多核白细胞>25个/低倍视野，或二者比例<1∶2.5，表示痰液自深部咳出，适宜作进一步培养检查，痰液标本应迅速送检。除作常规培养外，应根据临床需要选用适当的培养基，如真菌、分枝杆菌、病毒等，另外应尽量在应用抗生素前取标本作病原学检查。尽管经过各种防污染和筛选方法，其确诊率亦仅50%左右，因此应结合临床作全面分析。
(2)防污染技术采集下呼吸道分泌物：目前较普遍开展经纤维支气管镜作支气管肺泡灌洗或保护性标本刷取标本的防污染措施，取得较满意的敏感性和特异性。瑞金医院肺科对医院获得性肺炎患者用保护性标本刷(PSB)采集标本作细菌培养，并与用支气管肺泡灌洗(BAL)取标本和痰液标本的细菌学培养结果作比较，痰培养阳性结果仅25%为致病菌，BAL培养阳性结果中71%为致病菌，PSB培养结果中81.2%为致病菌。BAL和PSB两种方法取标本减少了标本受上呼吸道寄生菌污染的机会。用PSB取标本的诊断特异性高，但因采取标本量较少，诊断敏感性较低。而BAL取标本涉及范围较广，且标本取量亦较多，因此阳性率较高。采用定量培养法，以菌落计数103CFU/ml作阳性诊断标准，可得到较满意的诊断敏感性和特异性。据一组524例呼吸机肺炎荟萃分析，用PSB取标本作定量培养，以细菌数>103 CFU/ml作为阳性，诊断敏感率达90%，而特异性达94.5%。另据报道采用保护性(防污染)支气管肺泡灌洗法取标本，诊断敏感性达97%，特异性达92%。对于接受机械通气治疗的患者，则可以通过人工气道(气管插管)直接进行保护性支气管肺泡灌洗或经导管如顶端置栓防污染的弯曲导管吸引取标本作细菌学检查。
经纤支镜作灌洗或刷检取标本属侵袭性检查，对机体可能造成不良影响，例如引起心律失常，支气管痉挛，低氧血症，出血和发热等。因此应严格掌握适应证，规范检查操作，严密监护和观察。检查的相对禁忌证为：①严重低氧血症吸纯氧(FIO21.0)时，动脉血氧分压(Pa02)低于75mmHg;②严重支气管痉挛;③急性心肌缺血(急性心肌梗死，不稳定性心绞痛);④严重低血压，用升压药时平均动脉压<65mmHg;⑤颅内压增高;⑥严重出血体质。
经气管穿刺抽吸法(TTA)曾一度在20世纪70～80年代使用，但假阳性率高，特异性低，且引起病人不适，易引起出血和气胸等并发症，目前已很少采用。经胸腔穿刺活检更多用于伴胸腔积液的患者，而胸腔镜肺活检和开胸肺活检诊断阳性率和特异性均高，但创伤性较大，适用于严重免疫抑制、机会性感染的高危患者。取肺组织标本作进一步检查，包括卡氏肺孢子虫，巨细胞病毒和曲霉菌感染等，并用作鉴别非感染性肺病。
胸部X线检查以及胸部CT扫描对诊断有很大价值，可有助于发现肺部病变，确定部位，判断性质及严重程度。通常表现为肺部片状浸润影或间质性改变，并可能有空洞或合并胸腔积液等表现。胸部X线表现可能受胸部基础疾病的影响或受摄影技术、条件的限制而影响正确判断，尤其在早期，胸部CT扫描可能更清晰显示肺部病变性质及合并胸腔积液情况。胸部X线表现亦可能系其他非感染性肺部疾病所引起，如肺不张，肺出血，急性呼吸窘迫综合征，肺水肿，肺栓塞，肿瘤等。因此胸部X线异常表现并非特异性病因诊断，而应该与各项临床及检查资料作综合分析。