焦虑症与许多同类神经官能症在临床上容易产生混淆：
神经衰弱患者可有焦虑症状，但焦虑症的焦虑紧张情绪较一般神经衰弱的症状更为突出。恐怖症多表现为对某一物体，某疾病或某种环境的恐惧和严重不安，且常伴有其他强迫观念和行为，虽伴发焦虑，但与焦虑症有区别。疑病性神经症(疑病症)患者的紧张恐惧情绪多继发于疑病症状，而疑病症状又与自身内部特殊不适感受和以往生活经历、联想或暗示等有关，因而应与焦虑症相鉴别。
忧郁症与焦虑症不同，前者的焦虑必然与他的疑病和自罪等妄想观念有关，这类患者的焦虑发作的背后，忧伤情绪总是存在的;若一个原来适应性很强的人突然发生焦虑发作，则应在排除器质性因素后首先考虑忧郁症。精神分裂症在早期也可有严重的焦虑或焦虑疑病，若发现精神分裂症的基本症状时，鉴别并不困难。有一些器质性脑病的患者，当临床上尚无明显的痴呆症状时，可能有焦虑或焦虑症发作。
