1.病原学检查
(1)咽拭子、痰液、支气管肺泡灌洗液、胸腔积液、血液等直接涂片镜检或作革兰染色、Iemsa染色或PAS染色，标本中发现芽生孢子及假菌丝和菌丝有诊断价值。
(2)因正常人咽喉部可带菌，痰培养3次以上阳性才有一定的诊断意义。
(3)经纤支镜保护性毛刷(PSB)采样培养较为可靠。由于菌血症持续时间短，故血培养阳性率较低。
2.组织病理学检查 纤支镜活检或经皮肺活检，组织病理学检查有念珠菌菌丝侵入证据可以确定诊断。
3.免疫学检查 免疫学检测抗甘露聚糖抗体、敏感性和特异性均不理想，重症患者、免疫功能缺陷者常出现假阴性。检测念珠菌抗原主要有甘露聚糖抗原、47KD抗原、热不稳定抗原，但念珠菌属不同种之间存在共同抗原，且人血清中某些蛋白成分与念珠菌的抗原具有相似的抗原决定簇，因此抗原的纯化与标准均存在问题。有待进一步提高敏感性和特异性。
4.影像学检查：支气管肺炎型胸部X线显示两肺纹理增深, 两肺中下肺野弥漫性斑点状、小片状阴影。肺炎型X线表现为片状、结节状浸润，可波及整个肺叶，可有肺门或纵隔淋巴结肿大，也可呈肺水肿表现，阴影短期内变化较大。血源性多表现为多发性边缘不清的粟粒状结节影，随病情进展，粟粒状病灶可融合成大小不等小结节。