潜伏期短，一般3～5天。是鼠疫最严重的一型，病死率极高。原发性肺鼠疫为数小时到3天，曾经预防接种者可延至9～12天。该型起病急骤，发展迅速，除严重中毒症状外，高热伴畏寒、寒战，淋巴结肿大，可有呕吐、腹泻、肝脾肿大及出血表现。
肺鼠疫多由腺鼠疫血行播散引起，少数为原发性吸入性肺鼠疫。
主要症状有：
1.咳痰为脓血痰、泡沫血痰或鲜红色痰;胸痛、咯血。
2.呼吸急促，并迅速呈现呼吸困难和发绀，肺部体征少，可闻及少量湿啰音及胸膜摩擦音。胸部X线呈支气管炎表现，与病情严重程度极不一致。
3.淋巴结肿大，可有呕吐、腹泻、肝脾肿大及出血表现。
体征与病情严重程度不一致为本病之特征，如抢救不及时，可出现意识障碍，多死于休克及呼吸衰竭。多于2-3日内，因心力衰竭，出血而死亡。因病死后全身皮肤呈黑紫色，故有“黑色病”之称。