起病急，常有畏寒、发热(多为弛张热)，伴乏力，食欲缺乏等全身症状，咳嗽、咳痰，初为干咳或黏液脓痰，典型者为巧克力样痰。肝脓肿穿破侵入肺，可突然咳出大量棕褐色痰，每天黏痰量可达500ml以上，可有痰血甚至大咯血，肝脓肿向胸腔穿破时，常伴有剧烈胸痛和呼吸困难，严重时可发生胸膜休克。
早期病人可无明显体征，以后常见右肺下部叩诊浊音，呼吸音减低，干湿性?音及胸腔积液征。合并肝脓肿者肝脏肿大，有压痛。
根据病史，临床表现和实验室检查，一般不难诊断，痰或胸腔积液找到病原虫可确诊。当超声波检查确定有肝脓肿时，应做肝穿刺，若脓液为巧克力色或查到阿米巴原虫，对本病诊断有重要意义。