1.药物治疗
(1)鸟-胞内分枝杆菌复合群(MAIC)感染MAIC对异烟肼(INH)及吡嗪酰胺(PZA)耐药。引起淋巴结炎时可选用三联药物 阿奇霉素(或克拉霉素)+利福布汀(或利福喷汀)+阿米卡星，治疗6个月。HIV感染患者并发MAIC引起的播散性NTM病时，可应用环丙沙星(或左氧氟沙星)+阿米卡星+利福布汀(或利福喷汀)+亚胺培南;或用阿奇霉素(或克拉霉素)+利福布汀(或利福喷汀)+氯法齐明+乙胺丁醇(EMB)，疗程 18～24个月。
(2)堪萨斯分枝杆菌感染 对吡嗪酰胺(PZA)耐药，大多数对利福平(RFP)及乙胺丁醇(EMB)敏感。引起肺病时可应用异烟肼(INH)+利福平(RFP)+乙胺丁醇(EMB)治疗18个月，如菌株对其耐药可应用利福布汀(或利福喷汀)+阿米卡星+磺胺甲恶唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲恶唑)治疗18个月。在艾滋病患者合并播散性NTM病者，可选用利福布汀(或利福喷汀)+阿米卡星+磺胺甲恶唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲恶唑)+阿奇霉素(或克拉霉素)治疗18～24个月。
(3)瘰疬分枝杆菌感染 体外试验对异烟肼(INH)、利福平(RFP)、乙胺丁醇(EMB)、吡嗪酰胺(PZA)、环丙沙星、阿米卡星均耐药。引起淋巴结炎，可应用红霉素(或阿奇霉素，或克拉霉素)+利福布汀(或利福喷汀)+氯法齐明治疗，疗程6个月。
(4)海分枝杆菌感染 皮肤软组织感染可选用多西环素+磺胺甲恶唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲恶唑)治疗;或利福平(RFP)+乙胺丁醇(EMB)治疗，总疗程至少3个月。最近研究表明克拉霉素或阿奇霉素单药治疗也可能有效。同时结合外科清创治疗。
(5)溃疡分枝杆菌感染 该菌体外试验对利福平(RFP)、链霉素(SM)、氯法齐明敏感。引起皮肤软组织感染可选用利福平(RFP)+AMK或乙胺丁醇(EMB)+磺胺甲恶唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲恶唑)治疗，疗程4～6周。结合手术清除。
(6)偶发分枝杆菌感染 体外试验对多西环素、米诺环素、头孢西汀、亚胺培南、链霉素(SM)、磺胺甲恶唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲恶唑)、环丙沙星、氧氟沙星、阿奇霉素、克拉霉素均敏感。对皮肤软组织感染以外科清除感染部位为主，同时应用阿米卡星+头孢西丁+丙磺舒治疗1个月。新大环内酯类阿奇霉素、克拉霉素也可选用。
(7)龟分枝杆菌感染 该菌对阿米卡星、克拉霉素、阿奇霉素敏感，但对头孢西丁、氟喹诺酮类耐药。在外科清除皮下脓肿同时应用阿米卡星(或妥布霉素)+阿奇霉素(或克拉霉素)治疗，必要时可加用亚胺培南，疗程一般6个月。
(8)脓肿分枝杆菌感染 对利福平(RFP)具有很高的耐药性，近来研究表明可能由于该菌细胞壁结构不均匀，膜通透性低下有关。可选用红霉素(或阿奇霉素，或克拉霉素)+环丙沙星治疗，疗程至少6个月。
2.手术治疗
NTM淋巴结炎时，应尽可能作整个淋巴结肿块切除，如已形成窦道及皮肤病变时，应将皮肤病变区一并切除。NTM皮肤软组织感染时，在进行药物治疗同时对皮肤病变组织进行广泛手术切除。NTM肺病应用药物治疗效果欠佳，大量排菌1年以上，肺部空洞等病变局限者，也可手术切除。