(一)治疗
肺包虫囊肿一般呈进行性生长，能“自愈”的极少，绝大多数迟早将因囊内压力增高而破裂，产生严重并发症，常有手术、穿刺、药物等治疗手段。药物疗法已成为手术治疗的重要辅助手段或仅用于多发囊肿无法手术的患者，常用药物有阿苯哒唑、阿苯达唑、甲苯达唑及吡喹酮等，可使生发层和原头蚴退化变质，部分囊肿停止增长或缩小，也可在术前应用以减少术后复发。手术切除包虫囊肿为治疗棘球绦虫的首选方式，也是目前最常用的治疗方法。
根据囊肿大小、数目多少、部位、有无并发感染及胸膜是否粘连决定手术方式。手术方法主要有内囊摘除和肺叶切除。术中要点是防止囊肿破裂，囊液外溢入胸腔或胸壁软组织，可起棘球蚴病播散或变态反应。为了预防在手术时囊肿破裂、囊液溢入胸腔引起过敏性休克，可在术前静脉滴注氢化可的松100mg或地塞米松10mg。
手术方法：
1.内囊完整摘除法 开胸分离粘连后，因囊肿多在近周边处，肺表面有时可见到覆盖的纤维蛋白层。摘除前在肺周围用纱布填满覆盖，仅露出准备做切口取囊部位，并准备好有强吸力的吸引器，便于囊腔意外破裂时及时吸出其内容物，避免污染胸腔。然后小心切开囊肿外包绕的肺纤维层，刀稍倾斜，免垂直接切入内囊。因内囊压力较高，外囊切开一小口后，即可见白色内囊壁从切口膨出，延长切口，请麻醉师从气管插管用力打气，借助肺压把内囊腔推出。一般因内外囊间无粘连，可以把囊腔完整取下。内囊取出后，外囊上有细支气管口漏气，先用纱布堵上，然后缝合修补，其残腔壁较多的可切除或内翻，然后缝合，完全消灭残腔。
2.内囊穿刺摘除术 手术适应证为：①包虫囊肿已明显感染、出现并发症的，如：外囊破裂顶部有星月形透亮区;内外囊破裂，内有液平面;内外囊破裂，内囊陷落呈现水上浮莲征;②基本功不扎实、操作不熟练的地区采取以上方法较为合适。在囊肿部位周围用纱布严密保护好后，先用粗针穿刺，抽出囊腔内液体，然后切开外腔，把切口旁的外囊壁夹住提起，继续把囊液吸尽，并把已塌陷的内囊夹出。残腔用酒精纱布涂擦，或用过氧化氢冲洗以杀灭原头蚴。过去常用甲醛涂抹，有进入支气管漏口发生严重支气管痉挛的可能，现已不用。残腔中有支气管漏气要一一缝合，再从周围至底部全层(较大的可分数次)缝合，消灭残腔。
3.肺切除 用于囊肿已破裂，肺组织有严重感染，并发支气管扩张、肺纤维化、脓胸、支气管胸膜瘘或肺癌不能除外的患者。手术中如有可能最好先游离出支气管，钳夹住，避免术间挤压肺组织时，囊腔破向支气管，引起病变播散或窒息死亡。存在瘘气外囊壁水肿或大囊肿致该叶肺组织严重坏死;局限于肺外叶囊壁或钙化而不易塌陷的较大囊肿或囊肿继发感染形成慢性厚壁脓肿等，可以考虑做肺部分切除术或肺叶切除术。
4.特殊类型棘球蚴病的处理 如同时有肝及肺囊肿的，可以一次手术。双侧有病变的先处理病变较大或有并发症的一侧，肺囊肿有支气管胸膜瘘的，先闭式引流，待感染控制，体力恢复后再行肺切除。
(二)预后
本病预后良好，棘球蚴破裂而发生休克者预后差。复发常见原因：①术中留下较小的包虫囊肿;②术间囊液外溢，头节脱落，移植复发;③再次感染，复发患者再次行肺切除，效果也多良好。