1.囊内出血：最多见的并发症是囊内出血，临床表现为突然剧烈的腹痛及囊肿增大，这种并发症几乎均见于50岁以上的妇女，但极少数病人腹痛则较为轻微，甚至没有，出血时超声下观察到囊内容物呈流动性。
2.囊肿破裂或感染：囊肿破裂，囊内并发感染时，尚可出现寒战，高热;压迫十二指肠尚可形成内瘘;门脉高压等，
3.囊肿蒂扭转：可引起剧烈腹痛。
4.癌变：1977年Kasai等报道了3例肝囊肿壁上发生癌变，指出如果发现囊肿内容混浊，囊壁有不规则结节时应警惕恶性变的问题。
5.其他：另外多发性囊肿尚可合并胆管狭窄，胆管炎。