本病临床表现复杂，病程又长，易于误诊，因此应与其他疾病相鉴别。当主诉为脓血便或水样便时，应与细菌性痢疾、阿米巴痢疾及溃疡性结肠炎等相鉴别;当主诉为腹痛时，应与胃、十二指肠溃疡及急性胆囊炎等相鉴别。
1.细菌性痢疾：有不洁饮食史、接触史，主要症状 可有畏寒、发热，主要为腹痛、腹泻，每日大便数次～十余次不等。急性期病人多为黏液或黏液脓血便，量不多，有里急后重感。依赖于粪便培养出痢疾杆菌加以鉴别。
2.溃疡性结肠炎：主要有：腹泻、血便、腹痛及肠外表现。在内镜检查时进行病理活检，这些对鉴别诊断和治疗后随访观察都很有意义。