1.结核病肺型 并殖吸虫感染常易被误诊为肺结核病，因其早期症状与早期肺结核相似，而囊肿期的肺部变化又与球型肺结核相类似。当并殖吸虫侵犯胸膜而引起胸膜腔积液时，又可与结核性渗出性胸膜炎相混淆。并殖吸虫感染可产生广泛的腹膜炎及腹膜粘连等，应与结核性腹膜炎相鉴别。上述各类结核病可从流行病学、实验室检查等加以鉴别。
2.原发性癫痫 脑型并殖吸虫感染的癫痫症状与原发性癫痫相类似。但脑型并殖吸虫感染既往均无癫痫史，而且癫痫发作后，头痛及肢体无力等症状可持续数天之久;而原发性癫痫发作后，症状在几小时就可消失。此外，痰内有虫卵，脑脊液免疫学检查阳性等，均可作为二者鉴别。