1.一般治疗
急性期应尽量卧床休息，注意水电解质的平衡，如起病48～72小时后仍不能自行进食者应给予鼻饲流汁以保障营养供应。加强皮肤、口腔、呼吸道及大小便的护理。
2.病因治疗
积极治疗可能引起分水岭区脑梗死的病因，如颈动脉疾病和心脏病、医源性低血压、水与电解质失调、低氧血症、红细胞增多症及血小板功能异常等。
3.脑水肿的治疗
合理应用脱水降颅压药物，因为部分分水岭区脑梗死患者有高血压病史，近期可能有不合理降压导致血压过低，脑供血相对不足如过度应用脱水降颅压药物容易使血容量减少，有加重病情的可能，所以应根据病情合理应用，一般选用渗透性利尿药20%甘露醇高渗溶液，对脑梗死范围大并伴有病灶周围脑水肿疗效较好，同时甘露醇还有较强的自由基清除作用。依病情可选用20%甘露醇快速静注，对于老年患者、长期高血压患者、有肾功能损害的或肾功能欠佳的患者，应控制用量。
4.溶栓治疗
由于分水岭区脑梗死发生机制中最主要原因为体循环低血压、脑的大动脉狭窄或闭塞、心脏疾患等，其中动脉粥样硬化为重要的基础病因，所以一般不进行溶栓治疗，但可根据血液检测指标应用比较缓和的蛇毒类药物治疗，如去纤酶(降纤酶)注射剂，一个疗程5天能降低血黏度，抑制红细胞聚集，增强红细胞的血管通过性及变形能力，降低血管阻力，改善微循环。
5.抗凝治疗
合理应用可防止脑梗死的进一步形成或加重，常用的有肠溶阿司匹林，其他药物尚有华法林(华法令)、醋硝香豆素(新抗凝片)等。
6.急性期血压的调控
由于分水岭区脑梗死的发病机制多与体循环低血压有关，一定要认真对待血压。对于分水岭区脑梗死的血压调控，目前没有统一的标准，大多主张应遵循慎重适度的原则。在急性期的血压不高或稍低时可考虑给予适当的升压药物或及时补充液体以保证脑的血液供应，防止病情的加重，对于血压稍增高者，大部分患者无须急于进行降血压治疗，应严密观察病情变化。
降压应缓慢进行，一般第1个24小时使平均血压降低10%～20%为宜。如急速大幅度的降压必然加重脑缺血损害，可选用小剂量多巴胺或参麦注射液等药物治疗。血压的调控应视个体化进行。