NGU好发于青年性旺盛时期。潜伏期可由数天至数个月，但多数为1～3周。
1.男性NGU 症状与淋菌性尿道炎相似，但程度较轻，可有尿道刺痒，烧灼感和排尿疼痛，少数有尿频。尿道口轻度红肿，分泌物稀薄、量少，为浆液性或脓性，多需用手挤压尿道才见分泌物溢出。长时间不排尿或晨起首次排尿前有时能见到逸出尿道口的分泌物污染内裤，结成黏糊状可封住尿道口(称为糊口)。有些病人(30%～40%)可无任何症状，也有不少病人症状不典型，因此，约有一半的病人在初诊时易被误诊或漏诊。有19%～45%患者同时伴有淋球菌感染。 50%～70%的男性患者如不治疗可在1～3个月内自愈。未经治疗的衣原体尿道炎症状可自行减轻，病情缓解，但无症状的衣原体感染也可持续数个月至数年。
2.女性NGU 女性NGU或NSGI的临床特点是症状不明显或无症状。当引起尿道炎时，约有50%的病人有尿频和排尿困难，但无尿痛症状或仅有很轻微的尿痛，可有少量的尿道分泌物。若感染主要在宫颈时，则表现为宫颈黏液脓性分泌物(37%妇女)和肥大性异位(19%)。肥大性异位(hypertrophicectopy)是指水肿、充血和易致出血的异位区。可有阴道及外阴瘙痒，下腹部不适等症状，常被误诊为一般的妇科病。未治疗的宫颈衣原体感染可持续1年或更长时间，且会出现各种临床表现和并发症，如尿道炎、急性尿道炎综合征、子宫内膜炎、成人沙眼衣原体眼部感染等。以宫颈为中心的沙眼衣原体播散的危险性可能小于生殖系统淋病播散的危险性。
3.合并症 附睾炎是男性NGU的主要并发症，它的主要症状是附睾肿大、发硬且有触痛，如累及睾丸时可出现疼痛、触痛，阴囊水肿和输精管变粗等。从肿胀的附睾中抽取液体，有时可分离到衣原体。临床上常可见到附睾炎和尿道炎同时存在。并发前列腺炎时可有后尿道、会阴和肛门部位的重坠和钝痛感。疼痛可放射到横隔以下各个部位，在晨间较为明显。可产生性功能障碍。直肠指检可触及肿大的和有压痛的前列腺。在急性期时，由于前列腺严重充血，肿大的腺体可造成尿道的梗阻症状如尿流变细、排尿无力、尿频和尿流中断等症状。在男性，系统性并发症及生殖器外器官的感染比较少见，常见的有急性滤泡性眼结膜炎、Reiter综合征(即尿道炎、多发性关节炎、结膜炎三联征)、眼色素膜炎和强直性脊柱炎等。有报告解脲支原体可吸附在精子上，抑制受精，造成生育力低下。
在女性，主要并发症为急性输卵管炎。急性期可有寒战、高热和下腹痛，可有骶部酸痛，并向大腿部放射。妇科检查宫颈可有推举痛，子宫一侧可有明显压痛和反跳痛，约25%患者可扪及增粗的输卵管和附件的炎性肿块。慢性输卵管炎表现为下腹部隐痛、腰痛、月经异常及不孕症等。此外，衣原体感染还可导致异位妊娠、不育、流产、宫内死胎及新生儿死亡。但亦有许多患者除不孕外，可无任何自觉症状。