肺炎克雷白杆菌肺炎的治疗包括抗感染治疗和支持治疗。抗感染治疗有效与否直接影响疾病的预后。在抗生素治疗下，病死率已有明显下降，但由于克雷白杆菌耐药率较高，病死率为20%～30%，仍超过肺炎链球菌肺炎。
对肺炎克雷白杆菌有抗菌活性的药物较多，包括第一至四代头孢菌素、广谱青霉素、氨基糖苷类抗生素、氟喹诺酮类、碳青霉烯类和单环β内酰胺类等。随着临床可选药物品种的扩大和多重耐药菌株的不断增加，合理的选择应根据药物敏感试验。通常建议第二、三或四代头孢菌素或联合氨基糖苷类药物，如有药敏结果也可单用头孢菌素。另可用氨曲南、第二代头孢菌素如头孢呋辛。新一代的广谱青霉素如哌拉西林对肺炎克雷白杆菌肺炎有较好的治疗效果。
氨基糖苷类可选阿米卡星。对肺部感染特别是重症感染，氨基糖苷类宜与β内酰胺类合用而不主张单独使用。氟喹诺酮类如环丙沙星、左氧氟沙星等，头霉素如头孢西丁、头孢美唑，β内酰胺类/β内酰胺酶抑制剂的复合剂如舒他西林(氨苄西林/舒巴坦)、头孢哌酮/舒巴坦、哌拉西林/克拉维酸等，对肺炎克雷白杆菌也具有良好抗菌活性，值得选用。部分地区尤其在医院内肺炎中出现肺炎克雷白杆菌产超广谱β内酰胺酶(ESBL)菌株检出率明显上升，对这类菌株引起的感染，首选碳青霉烯类药物如亚胺培南、美罗培南等。头孢哌酮/舒巴坦对肺炎克雷白杆菌ESBL菌株也有较好的抗菌活性。肺炎克雷白杆菌肺炎的抗感染疗程一般为10～14天，病变广泛特别是出现多发性小脓肿时，则至少3周。支持治疗包括保持气道通畅，给氧，纠正水、电解质和酸碱失衡，补充营养等，在肺炎克雷白杆菌肺炎的治疗中应予重视。