1.其他细菌性肺炎 本病与肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)、金葡菌、A群链球菌等所致肺炎临床鉴别不易，通常均须通过痰液的病原学检查方能确诊。
(1)肺炎杆菌肺炎：痰量多，典型者呈棕红色胶冻状，X线早期呈大片絮状、浓淡不同阴影，双侧多见，变化迅速，病灶呈蜂窝状，有空洞或肺大泡形成，易有气胸或脓胸是其特色。
(2)肺结核：起病徐缓，中毒症状轻微，痰白色黏性或少量脓性，病变部位以上肺野居多，中叶次之，下叶少见。
(3)支气管肺炎：如鹦鹉病。
(4)立克次体肺炎(如Q热)：均无寒战、血痰、剧烈胸痛及显著的白细胞增多，胸部体征多不明显。
(5)土拉菌肺炎。
(6)嗜肺军团菌肺炎：比较少见，在流行区应注意鉴别，以免误诊。
2.肺梗死 常继发于心瓣膜病或静脉血栓形成患者。本病亦有呼吸困难、胸膜性疼痛、咯血、发热或肺实变征及X线所见，均类似急性肺部感染，但肺梗死的最初症状是骤起的剧烈疼痛，罕见寒战，一般无呼吸道前驱症状及唇疱疹;发热不高，整口咯血常见，肺部体征出现甚早，白细胞计数达20×109/L者罕见。联合通气.灌注放射性核素扫描检查，肺炎及肺梗死均显示相似的缺损，肺梗死则有灌注缺损而无相应的通气缺损。血液DNA测定，似有助于诊断肺栓塞。如肺梗死发生感染，则与原发性细菌性肺炎更难区别。NBT试验可能有助于鉴别。由于肺炎应予抗菌治疗而肺梗死则须抗凝治疗，故必须正确加以区别。
3.肺不张 由支气管阻塞引起，不仅许多体征类似肺炎，而且阻塞持续亦可导致严重感染。外科麻醉后吸入大量黏液为肺不张的主要原因，可有呼吸困难、咳嗽、胸痛、一侧胸廓运动减弱、浊音、呼吸音减低，均类似原发性肺炎，且有发热及白细胞增多，亦似有感染存在。因肺不张可能由强力咳嗽、体位引流或支气管镜检等法消除，故应与原发性肺炎区别。有时由于纵隔明显移位(向病侧)而有利于鉴别。肿瘤压迫及主动脉瘤偶可长期压迫支气管而导致慢性肺不张，亦应慎重区别。
4.膈下感染 易与肺炎混淆。膈下脓肿、肝脓肿及上腹部其他感染，均可能累及横膈，引起局部炎症、胸腔小量积液、胸痛及肺不张;同时，肺炎有时亦可类似腹内疾病，胸膜炎可发生腹部牵涉性痛，疑似急性阑尾炎或胆囊炎。
5.其他疾病 肺炎链球菌性肺炎已经确定，但也应考虑肺内潜在另一种疾患的可能性，慢性阻塞性肺部疾患和肺脓肿可能导致细菌性肺炎反复发作，而其本身的症状直到肺炎消散才显露出来。支气管癌或其他任何病变，部分地阻塞支气管，常可导致同一肺段肺炎反复发作。