1.长期大量抗生素的应用，可引起机体菌群失调;肾上腺皮质激素滥用，可抑制机体的免疫反应。这些都为隐球菌的感染和扩散创造了条件。因此，应严格上述药物的使用指标，杜绝滥用。对于长期应用抗生素或肾上腺皮质激素的病例，若病情未见好转或恶化者，应考虑有隐球菌感染的可能，及时病原学检查。
2.隐球菌病多继发于其他疾病，原发性较少见。对恶性肿瘤、慢性消耗性疾病、结缔组织疾病和器官移植的病例，一旦发生可疑隐球菌感染，应立即查清病原，及时予以治疗，而且用药时间应适当延长。
3.注意卫生保健，忌食腐烂变质的梨、桃等瓜果，防止鸽粪、鼠粪污染环境。
4.应增强机体免疫力外，避免创口感染土壤及鸟粪等。