1.免疫正常宿主肺部病灶广泛、有严重低氧血症的急性肺皮炎芽生菌病病人应立即予AMB治疗，但是否所有急性皮炎芽生菌病病人都需要治疗尚无定论，因为许多轻中度病人无需治疗可自愈。随着安全、高效、低毒的口服抗真菌药物伊曲康唑应用于临床，现在主张只应对那些表现为急性肺炎、首发症状相对轻微并且在建立诊断时病情已经明显好转的病人不予抗真菌药物治疗。
伊曲康唑对绝大多数肺皮炎芽生菌病，包括急性、亚急性、慢性和非脑膜播散病人均有良好疗效。疗程6个月，偶尔需要更长的疗程。酮康唑的疗效不如伊曲康唑，且毒性较大，不过价格相对便宜。氟康唑的疗效可能也比伊曲康唑差，可用于不能耐受或不吸收伊曲康唑的病人。此外，氟康唑透过血-脑脊液屏障的能力强，因此大剂量的氟康唑对于中枢神经系统皮炎芽生菌病可能具有较好的疗效。
AMB仅用于少数严重的病人，包括肺部弥漫性浸润、严重的中毒症状、严重气体交换障碍和迅速播散者。对于严重感染，可采取序贯治疗的方式。先用AMB治疗达到临床改善，随后用伊曲康唑治疗6个月。
2.AIDS病人这类病人的预后不容乐观。与组织胞浆菌病类似，即使病人对初始的诱导治疗反应良好也不能永久治愈。严重的病例可能早期就死亡。
可使用序贯治疗方案。先用AMB诱导治疗至临床控制，然后用伊曲康唑终身维持治疗。某些免疫抑制程度较轻的轻中度病人，可从发病时始用伊曲康唑治疗。
3.其他免疫抑制病人免疫抑制程度不严重者(包括糖皮质激素治疗和器官移植受者)可能获得最终治愈。治疗方案通常为 AMB总量2.0g和伊曲康唑至少12个月，或AMB用至临床改善接着用伊曲康唑6～12个月。AMB的肾毒性是接受环孢素治疗的移植受者的一个特殊问题。新的脂质体AMB的肾毒性明显降低，疗效与常规AMB相仿，但价格较高。伊曲康唑用作初始治疗可避免肾毒性，但对于病情严重者其作用不如AMB，在完成治疗后复发的可能性较大。而且伊曲康唑与许多药物有相互作用，与环孢素同用可增加环孢素的血药浓度。氟康唑的药物相互作用相对较少。