肺炎衣原体感染的潜伏期为15～23 天，可引起上呼吸道感染，如鼻窦炎、中耳炎和咽炎，也可引起下呼吸道感染，但以后者为主，如支气管炎和肺炎。肺炎衣原体肺炎系衣原体肺部感染的主要形式。不同于鹦鹉热肺炎，此病患者无病鸟接触史。肺炎衣原体呼吸道感染多数表现为咽痛、发热、咳嗽(干咳为主)，以及胸痛、头痛、不适和疲劳。受累的肺叶部位可听到?音。但再感染的患者呼吸道症状往往较轻，且较少发展为肺炎。老年肺炎衣原体肺炎患者临床表现可能较为严重，有时是致死性的，尤其是合并细菌性感染或存在慢性阻塞性肺疾病等基础疾病时。
肺炎衣原体肺部感染的临床症状及X线表现均无特异性，不能和其他非典型肺炎相区别，尤其是肺炎支原体肺炎，故确诊有赖于实验室诊断。最可靠的方法是进行肺炎衣原体的培养，取鼻咽部或咽后壁拭子、气管和支气管吸出物、肺泡灌洗液等标本培养。最近有报道经胰酶和(或)乙二胺四乙酸钠(EDTA)处理后的标本肺炎衣原体分离率大大提高。分离物可用肺炎衣原体种特异性单克隆抗体进行鉴定。但由于肺炎衣原体的培养要求高，一般实验室难以做到。应用PCR试验对上述标本进行检测对诊断有很大帮助，但需要注意质量控制，防止出现假阳性结果。微量免疫荧光试验(MIF)是目前国际上标准的且是最常用的肺炎衣原体血清学诊断方法，除性病门诊患者和娼妓特定人群外，肺炎衣原体肺炎的MIF血清学诊断可使用肺炎衣原体单一抗原，即不需要同时检测沙眼衣原体和鹦鹉热衣原体抗体。血清学诊断标准为：MIF试验IgG≥1∶512和(或)IgM≥1∶32，在排除类风湿因子(RF)所致的假阳性后可诊断为近期感染，双份血清抗体滴度4倍或以上升高也诊断为近期感染。1∶16≤IgG<1∶512为既往感染。