(一)治疗
1.抗生素治疗 肺炎衣原体感染的治疗与肺炎支原体相似，简单而有效，耐药不多见。但与肺炎支原体肺炎治疗不同处在于治疗的时间要长，以防止复发和清除存在于呼吸道的病原体。
主要为抗生素治疗，首选治疗为红霉素，每次0.5g，4次/d;或多西环素，首剂0.2g，以后每次0.1g，2次/d;或四环素(不用于孕妇和儿童)，每次0.25～0.5g，4次/d;口服，疗程均为21天。新生儿和婴儿的用量为红霉素每天40mg/kg，疗程2～3周。一般用药后24～48h体温下降，症状开始缓解。应当注意.即使用此疗法，部分病例仍可复发。如果没有禁忌，可进行第2疗程治疗。近年来，也有采用克拉霉素和阿奇霉素治疗肺炎衣原体感染的报道，其中阿奇霉素的疗效要优于克拉霉素，但临床应用经验尚少。其用法为克拉霉素，0.5g/次，2次/d，疗程21天;阿奇霉素，第1天0.5g，后4天0.25g/次，2次/d。亦可应用利福平(0.15g/次，3次/d)，罗他霉素(0.2g/次，3次/d)，罗红霉素(0.15g/次，2次/d)进行治疗。肺炎衣原体对氟喹诺酮类也敏感，如氧氟沙星或托氟沙星(0.2g/次，2次/d)可用于成人患者的治疗，但不推荐用于儿童。
2.注意事项 抗生素疗程一定要充足，以防复发。如果红霉素的剂量太小，或疗程太短，常使全身不适、咳嗽等症状持续数月之久。
(二)预后
不经治疗，一般在数周后也可逐渐自愈。但肺部?音及X线照片所见病变将数月不消。患儿可发生突然死亡，但沙眼衣原体与突然致死征候之间的关系均不详。