非阵发性交接区性心动过速的频率与窦性心律很近似，这种心律失常又多为暂时性的，故属良性心律失常，通常不需特殊处理。它常随着原发病的好转而消失。NPJT也不会引起心房颤动或心室颤动。所以治疗主要针对病因及原发疾病。
洋地黄中毒引起应立即停用洋地黄，同时应用钾盐、苯妥英钠。当心房颤动患者使用洋地黄时出现了NPJT，常提示洋地黄过量或中毒。如果心室率过快时可用β受体阻滞药普鲁卡因胺等，但有心力衰竭时应避免使用。如心率过快或存在心力衰竭时又未用过洋地黄者可使用洋地黄治疗，但应严密观察。当出现房室分离(脱节)时，由于心房收缩不能帮助心室的充盈使心排血量降低，此时可考虑应用阿托品使窦性心律增快。通过窦-交接区心律的竞争，使NPJT和房室分离消失，心排血量即可增加。