肺真菌病的治疗包括抗生素药物的应用、去除诱发因素、提高全身抵抗力等，需要手术的不多。
1. 肺放线菌病 青霉素治疗本病有效，早期确诊治疗适当的可以痊愈。因病变区有纤维瘢痕组织，血供差，需长期治疗(疗程1～3个月，甚至更长至病灶痊愈)，大量药物(青霉素每天600万～2000万U)。此外可合用磺胺类药及碘化钾，链霉素、氯霉素也有效。 放线菌感染已造成组织破坏，形成脓肿的需手术治疗，包括胸壁脓肿引流，脓胸引流，窦道及肋骨切除等，手术前后均需给大量青霉素治疗。
2.肺曲霉球病 须用两性霉菌B与氟胞嘧啶联合治疗。曲菌球是否手术要全面考虑原发病变的情况，如已有咯血，必须切除。术间要注意胸腔曲霉菌污染及经支气管播散问题。近年来常用支气管动脉栓塞术控制曲霉菌球的大咯血，疗效较好，但与其他病种大咯血的栓塞治疗比较，曲霉菌球的大咯血复发率较高。血止后如患者全身及肺部情况允许手术的，仍以肺切除为佳。
3.肺诺卡菌病 治疗上磺胺嘧啶为首选药物，视病情轻重给4～9g/d，使药物血浓度达到0.1～0.15mg/L。给药量需足够，疗程6～12个月，1个月后如病情好转可适当减少药量。复方磺胺甲基异?唑、四环素、多西环素(强力霉素)、红霉素及庆大霉素等也有效。磺胺类与氨苄西林(氨苄青霉素)有协同作用。局限性病变及有脓肿形成而药物治疗效果不佳的，可行肺切除及引流。