肝海绵状血管瘤主要与肝癌或肝的其他良性病变相鉴别。原发性肝癌是最常见的肝脏恶性肿瘤，我国发病率很高。故明确在体检、超声中发现肝脏占位诊断有助于及时选择合适的治疗。
1.原发性或转移性肝癌 原发性肝癌多有慢性乙型肝炎、肝硬化的病史，有肝功能异常和AFP升高，对于AFP不高的原发性肝癌患者可通过病史、体检以及超声、CT等检查来鉴别，如CT平扫为低密度灶，无包膜边界不清，增强扫描病灶不均匀增强，均支持原发性肝癌，如大病灶中心坏死出血也可致密度不均。转移性肝癌，多为多发，有消化系统原发灶。
2.肝棘球蚴病 病人有牧区生活史，有羊、犬接触史，肝包虫皮内试验(Casoni试验)阳性，嗜酸性细胞计数增高。
3.肝非寄生虫囊肿 孤立单发肝囊肿易与肝海绵状血管瘤鉴别，只有少数多囊肝有时可能与肝海绵状血管瘤混淆。多囊肝50%以上合并多囊肾，病变自开始即为多发性，大多满布肝脏，超声、CT示病变为大小不等、边界光滑、完整的囊腔，可能有家族遗传因素。
4.其他 肝腺瘤、肝血管内皮细胞肉瘤，均少见。前者虽发展也缓慢，但肿块坚硬似橡皮;后者发展较快，具恶性肿瘤特征，多见于青少年。