关于本病的病因不是非常明确，一般认为是在胚胎发生期共同静脉干未能与左心房融合，同时肺总静脉扩大构成左心房的一部分，未能原始左心房融合一体形成副房。以及原发房隔的异常发育，左心房内异常隔膜，将左心房分隔为副房及真正的左房。