先天性肛门直肠畸形的种类很多，其临床症状不一，出现症状时间也不同有的患儿生后即出现急性肠梗阻症状有的生后很久才出现排便困难甚至少数患儿长期没有症状或症状轻微。绝大多数肛门直肠畸形患儿，在正常肛门位置没有肛门。婴儿出生后24h不排胎便就应想到肛门直肠畸形，应及时进行检查约有3/4的病例，包括全部无瘘的肛门直肠闭锁和一部分虽有瘘但瘘口狭小不能排出胎粪或仅能排出少量胎粪者，如直肠膀胱瘘、尿道瘘等，喂奶后就出现呕吐，吐出物为奶，并含有胆汁以后可吐粪样物，腹部逐渐膨胀，病情日趋严重，如未确诊和治疗，6～7天即可死亡。另一部分病例，包括肛门直肠狭窄和有阴道瘘、前庭瘘及会阴瘘且瘘管较粗者，在生后一段时间内不出现肠梗阻症状，而在数周、数月，甚至数年后出现排便困难、便条变细腹部膨胀，有时在下腹部可触到巨大粪块。此时已有继发性巨结肠改变。