西医病因：
肛门直肠周围脓肿的病因是由于肛门腺感染所致，临床上99%的肛周脓肿的发生与肛门腺感染、化脓有密切关系，也有因肛裂感染，细菌从裂缝处浸入皮下而形成脓肿的，少数是由肛门旁毛囊感染、粉瘤或外伤的失治、误治而形成的。
中医病因：
本病凡属实证者，多因饮食不节，过食厚昧辛辣，引起湿热内生，热毒结聚而致，或因肌肤损伤，感染毒邪，瘀血凝滞，经络阻塞，血败肉腐而成。凡属虚证者，多因肺、脾、肾脏亏损，湿热下注肛门所致。
中医病机：
肛痈是因过食肥甘、辛辣，湿热下注，或湿痰凝结，邪毒留阻于肛管直肠周围，气血瘀滞，热毒化腐成脓，形成痈肿。
发病机理
约90%的肛门直肠周围脓肿的发生与肛腺感染化脓有关。正常肛腺大部分位于肛门内外括约肌之间，开口位于肛隐窝。当粪便和细菌通过开口进入肛腺时可引发肛窦炎及肛腺炎症，这些炎症可扩散到肛管直肠周围组织形成肛周脓肿。肛管直肠周围存在的各间隙通常由脂肪组织和淋巴组织填充，组织疏松，感染时脓肿多发生在这些间隙。其他的病因还包括损伤、异物、直肠炎、皮肤疾病等。但应指出有些病灶其感染并不来源于肛腺，如有些肛管直肠周围脓肿可直接来源于肛裂、血栓性外痔破裂、脱垂性血栓性内痔、内痔或直肠脱垂药物注射后，也可来源于肛周皮肤感染、败血症、血液疾患或直接外伤，少数病例还可来源于结核、溃疡性结肠炎或克罗恩病等。多由肛腺感染引起，也可继发于肛周皮肤感染、损伤、肛裂、内痔、药物注射、骶尾骨髓炎等。
