西医治疗：
1.抑制胃酸分泌、中和胃酸尽管很多患者并无高酸，但制酸剂疗效却较肯定。H2受体拮抗剂，如泰胃美800mg，每晚一次，用4周。奥美拉唑20mg，日二次，用2～4周。
2.促胃动力药胃复安、吗丁啉均为多巴胺受体拮抗剂，能促进胃排空，增加食管下括约肌压力，促进胃窦十二指肠协调动作。胃复安能通过血脑屏障，偶可引起锥体外系副作用，症状缓解率为 60%～80%。西沙比利为了HT4受体激动剂，对全消化道动力有促进作用，有良好疗效，改善胃排空效果达80%。胃复安剂量为每日3次，每次 5～10mg;吗丁啉每日3次，每次10mg;西沙比利每日3次，每次5mg，饭前服。
3.根除HP，常用DeNol、四环素或羟氨苄青霉素、灭滴灵三联疗法。国人不易耐受时用小剂量三联疗法(DeNoll20mg，一日4次，灭滴灵0.2，一日4次，连服2周。继服DeNol240mg，一日两次2周)。
4.胃粘膜保护药可试用胶体铋、硫糖铅、前列腺素E(喜克溃)、麦滋林S等。
5.饮食定时避免咖啡、巧克力、酸食、甜食、戒烟、戒酒。
6.避免过劳、紧张、应激。进行心理治疗有的患者就诊目的是了解其症状是否为某些严重的器质性疾病所致，如果他们相信只是功能性消化不良，就不一定用药，自己会妥善处理自己的症状。
中医治疗：
辨证论治
1.实证
(1)邪热内结：
治宜清热消痞。代表方泻心汤(大黄、黄芩、黄连)，胸闷加瓜蒌，恶心呕吐加竹茹，口渴加花粉。
(2)饮食积滞：
治宜消食导滞，和胃降逆。代表方保和丸合平胃散加减(山楂、神曲、莱菔子、陈皮、半夏、茯苓、苍术、厚朴、枳实、连翘)。
(3)痰湿内阻：
治宜燥湿化痰、理气和中。代表方平胃二陈汤(苍术、半夏、厚朴、陈皮、茯苓、甘草)。气逆噫气不除加旋复花，胸膈满闷加瓜蒌、薤白，痰黄，口干加黄芩。
(4)肝郁气滞：
治宜疏肝解郁，理气消痞。代表方越鞠丸(川芎、苍术、香附、炒山栀、神曲)加味，气郁甚加木香、枳壳，痰多加陈皮、半夏。
2.虚证:
治宜健脾理气。代表方香砂六君子汤加味(党参、黄芪、白术、茯苓、半夏、陈皮、木香、砂仁、内金、枳壳)。若脾阳虚，加干姜，温运中焦，振奋脾阳。命火不足加附子、肉桂，脾肾同治。若脾虚而又水热互结、虚实相兼者，可用仲景泻心汤意，既调补脾胃，又辛开苦降，和中消痞。半夏、黄芩、黄连、生姜、干姜、党参、炙甘草、大枣。
中药治疗：(1)香砂六君子丸(《中国基本中成药》)：益气健脾，理气和胃，治脾虚气滞，胃部胀痛。
(2)枳木丸(《中国基本中成药》)：健脾化食，行气消痞，治脾虚气滞食积，胃胀胃痛。
(3)平胃散(《实用中成药手册》)：燥湿运脾，宽胸消胀，治湿浊中阻，胸满腹胀。
(4)香砂养胃丸(《中国基本中成药》)：健脾祛湿，和胃畅中，消胀除满。
(5)加味保和丸(《中国基本中成药》)：消食导滞，利湿和胃。
(6)越鞠保和丸(《中国基本中成药》)：解郁舒气，和胃消食。
(7)左金丸(《中国基本中成药》)：泻肝清胃，治肝胃热郁，泛酸灼热。
