下丘脑性闭经是闭经中最复杂的一种，但一般来讲又是预后最好的一种。除治疗相应的原发病因外，根据患者体内雌激素水平和是否有生育要求采用以下原则。
1.有生育要求者，应积极诱导排卵。诱导排卵有以下几种方法：
氯米芬：常用于多囊性卵巢综合征和体内有一定雌激素水平的某些下丘脑性闭经。先用孕激素撤退出血，于出血第5天始口服氯米芬50～100mg/d，连服5天。测基础体温以观察排卵。因其价格便宜、用法简便，是目前临床上应用最多的一种。
尿促性素(HMG)：几乎可用于所有下丘脑性闭经。
LHRH：此种方法仅适用于下丘脑GnRH分泌异常而垂体与卵巢有正常反应的闭经患者。给药必须模拟生理性的GnRH脉冲分泌释放形式，断续地脉冲式静脉或皮下、肌内给药，亦有经鼻黏膜、肛门或阴道途径给药，以静脉给药最理想。每90min注入5～20ug，给药期间监测排卵。
溴隐亭：治疗高泌乳素血症引起的闭经，该药是一种多巴胺促效剂，作用于下丘脑，激活泌乳素抑制因子，抑制垂体分泌泌乳素，使血PRL水平下降。一般剂量为5～7.5mg/d。因可能产生体位性低血压、恶心、呕吐、头晕、便秘等副作用，应从小剂量开始，逐渐缓慢加量，并与食物同服，副作用会大大减轻。服药期间测基础体温监测排卵。
中药：中医补肾与活血补肾法治疗下丘脑性闭经已有悠久历史。如治疗血虚肾亏所引起的闭经用刘奉五老中医的“四二五合方”，即四物汤(当归、熟地黄、白芍、川苇)、加二仙(仙茅、仙灵脾)、加五子(菟丝子、覆盆子、枸杞子、五味子、车前子)，可获得满意的治疗效果。
2.对无生育要求的雌激素水平低下的下丘脑性闭经，其治疗仍以性激素补充为主;未婚者待婚后需要生育时，再酌情选择上述诱导排卵治疗。