造成尿路梗阻主要原因有输尿管本身，以及输尿管以外两大类。输尿管本身又分为腔内梗阻，以及输尿管壁障碍所致两大类。结石为腔内梗阻最常见原因，可发生在输尿管任何一处但以自然转折或狭窄处最多，也可在肾内的小管腔内。肾内结石多由代谢障碍疾病引起，常见于尿酸结晶或服用可溶性较差的磺胺药等。多发性骨髓瘤中部分病例中含有大量本-周蛋白可以沉着于肾小管造成阻塞。部分肾乳头坏死病例坏死的组织可以脱落造成梗阻。此外泌尿系统出血形成血块也可能阻塞尿路，后两者情况大多在肾外为主。
输尿管壁本身障碍有功能性及解剖性异常两大类。前者在输尿管常因运行肌不能正常运行而致，可因输尿管纵行肌或环状运行肌障碍，致使尿液不能正常下行。在输尿管盆腔交界处较多，在小儿大多是双侧性，左侧肾常较严重，因此表现常较突出。另一组为输尿管膀胱交界处障碍为主，也以男性为多，大多为单侧性。上述两种情况中大多纵行肌纤维缺乏而环状肌相对正常，既往曾有人认为其机制与巨肠症相似，而目前大多数人认为二者机制并不相同。
膀胱功能障碍导致尿路梗阻的原因大多为神经源性，可因先天性肌肉发育不全或脊髓功能障碍等引起。后天性常见于糖尿病、脑血管病变、多发性硬化症或帕金森病等。由解剖性病变造成输尿管壁病变包括炎症、肿瘤等所造成的狭窄。尿路以外造成梗阻常因生殖系统、胃肠系统，以及血管或后腹膜其他病变引起。前列腺肥大或肿瘤常是男性发病的原因。女性则很多因子宫、卵巢等病变引起。克隆氏病或胃肠其他肿瘤可以压迫输尿管而导致梗阻。腹膜后病变可因炎症、肿瘤(原发或转移等)引起。
