(一)发病原因
1.感染因素 HPV感染与生殖器尖锐湿疣的发生相关，HPV在体内可以有长达40年的潜伏期，因而可以增加鳞状细胞癌的发病率。鳞状细胞癌与生殖器尖锐湿疣病史明显相关(相对危险系数男性为26.9，女性为32.5)，而移行细胞癌与此无关。应用PCR检测HPV-DNA(尤其是HPV-16)发现，80%以上的鳞状细胞肛管癌组织内呈阳性。肛门上皮细胞癌在男性同性恋病人中阳性率也可达80%。在女性病人及男性同性恋病人，高致癌类型人HPV感染更常见(尤其是HPV-13和HPV-16)，且多在肛管癌组织内呈阳性反应，而肛门周围的皮肤癌却很少呈阳性反应。由此可见，肛管癌正像子宫颈癌一样，HPV参与了肿瘤的发生。在55%肛管癌病人的血清中可以检测到HPV-16抗体，因此HPV-16抗体或许可以作为肛管癌的一项肿瘤标记物。在无生殖器湿疣的女性病人，肛门癌与Ⅰ型单纯疱疹(相对危险系数4.1)和沙眼衣原体(chlamydia trachomatis)(相对危险系数2.3)相关;而在无生殖器湿疣的男性病人则与淋病(gonorrhoea)有关(相对危险系数17.2)。
在HIV感染的病人，肛门鳞状上皮内损害(anal squamous intraepithelial lesions，ASIL)和鳞状细胞癌发生率亦较高。HIV感染后发生肛门癌的相对危险系数，在男性同性恋病人为84.1，而非同性恋病人为37.8;而在发生AIDS之前5年肛门癌相对危险系数则为13.9～27.4。另外发现，20%～45%的HIV阳性男性病人存在ASIL，而高度肛门鳞状上皮。内损害则被认为是一种癌前病变。晚近研究显示，不论是在同性恋或是双性恋病人，HIV感染后有利于HPV感染并可促进HPV的致病作用。统计表明，93%的HIV阳性男性病人肛门区组织内可检测到HPV DNA，而在HIV阴性者仅为61%。以上资料表明，HIV感染有利于有致癌特性HPV的复制，HIV能够促进HPV相关性疾病(如ASIL和鳞状细胞癌)。
2.吸烟 据报道，吸烟对HPV的致病作用有协同作用，但也有相反的报道。近期的一项研究表明，在绝经前女性和初次月经较晚的女性中，肛周癌(perianal cancer)发生与吸烟有显著相关性;而在男性和绝经后的女性病人则无相关性。据此推测，吸烟在肛周癌发病中的作用可能与抗雌激素作用有关。
3.相关疾病的影响 研究表明，一些良性肛门直肠性疾病与肛周癌的发生有关，如肛瘘、肛裂、肛周脓肿和痔。在这些良性疾病发生后的第1年，发生肛周癌的相对危险系数高(为12.0)，随后则明显下降。也有人认为，这些疾病可能是肛周癌的并发症，但病例对照研究显示，这种可能性很小。
另外也有文献报道健康搜索，炎症性肠病与肛周癌有健康搜索一定的相关性;肾移植后免疫抑制可使HPV感染的机会增加100倍，因此也可增加 肛周癌的发生率。
(二)发病机制
1.生物学特点 鳞状细胞癌起源于肛管上皮层，由于肛管上皮起源于胚胎外胚层，因此鳞状细胞癌呈现较多的皮肤腺癌的特征，而呈现直肠腺癌的表现较少。具有强致癌类型的HPV(主要是HPV-13和HPV-16)能够和肛管鳞状细胞的DNA发生整合，因此在肛管癌的发生中起重要作用，在80%以上的肛管癌中可发现有整合的HPV-16。
目前，尚未发现遗传易感体质，但在肛管癌发生中可检测到有p53和c-myc表达的基因异常。
2.组织学类型
(1)组织类型：鳞状细胞癌(也称表皮样癌)是最常见的组织类型，约占肛周肿瘤的80%。发生在肛门周围的肿瘤多数为角化上皮且分化良好;而位于肛管部位的肿瘤则多为非角化上皮且分化差。起源于肛管上部齿状线周围的肿瘤多为混合性，可同时有腺癌和鳞状细胞癌，也称之为移行癌性、泄殖腔源性癌或基底细胞癌，这三种术语实际上是同一个概念，但基底细胞癌目前最为常用。
基底细胞癌占肛门表皮样癌的40%，但按照不同的评价标准，这一比例可能有所差别。从临床和预后的角度，这二种类型的差别没有相关性，因此治疗上是基本相同的。
在基底细胞癌中，小细胞癌恶性程度较高，这种类型与小细胞肺癌相似，很容易转移扩散。
肛门腺癌很少见(文献报道一般为5%～10%，最多为18%)，文献报道的病例均为来源于肛瘘和低位直肠肿瘤的胶样癌。
(2)癌前状态：在80%的肛管鳞状细胞癌中，可见到重度不典型增生和原位癌，尤其是来源于肛周移行区的鳞状细胞癌更为常见。肛门鳞状上皮内损害是另一种癌前病变;Bowen样丘疹病和Bowen’s病是常见的癌前疾病。
(3)ICD-O分类：国际肿瘤学疾病分类(international classification of diseases for oncology，ICD-O)如表1(括号内为相应代码)。
3.特殊类型 肛周区域的一些少见的组织亚型包括小细胞癌、淋巴瘤、恶性黑色素瘤和平滑肌肉瘤。恶性黑色素瘤占肛周癌的1%～4%，占所有恶性黑色素瘤的1%～2%，多数仅在显微镜下观察到色素沉着，少数肉眼可见。肛门恶性黑色素瘤容易和血栓性痔核相混淆，因而易延误诊断。
4.组织学分级 肛周癌的组织病理学分级如下：
G1：分化良好。
G2：中度分化。
G3：低分化。
G4：未分化。