1.CEA检测临床意义极有限，阳性率不高，且增高水平与肿瘤发展和分期无直接关系。也许对诊断肝转移和监测肿瘤复发有帮助。鳞状细胞癌抗原的表达在肛管癌有较高的敏感性和特异性，但与肿瘤分期无关，临床应用有限。HPV抗原的检测等有报道，其临床价值有待进一步研究。
2.任何肛管和肛门周围的可疑病变均要行活检，发现腹股沟可疑淋巴结也要行活检。组织学检查还可区分肛管鳞癌与腺癌。对于部分感觉明显疼痛的病人，需要在麻醉下进行;对于肿大的腹股沟淋巴结也可行细针穿刺活检术;对于高度怀疑的病变，如果穿刺结果阴性，应行外科手术活检。
用现代影像学方法如肝脏B超、CT和肺部X线检查很容易发现有无肝脏、肺转移，也较为准确。