穿透表明难治性，若应用质子泵阻断剂和HP根治性治疗仍不能愈合者是选择性手术的指征。手术选择迷走神经干切断或近端胃迷走神经切断，或迷走神经切断加胃窦切除。许多外科医生认为穿透是通常代表严重的有害的溃疡病，迷走神经干切断合并胃窦切除优于近端胃迷走神经切断术。然而结论性的数据目前尚未有。
若为穿透性DU施行迷走神经切断加胃窦切除，外科医生必须在开始切除前对慢性溃疡的十二指肠的2个结构合并症小心评估。首先检查并判断十二指肠第一部炎症或瘢痕的严重程度，切断这类型的十二指肠会造成十二指肠残端难以缝合或吻合。第二个必须评估的结构改变是十二指肠第一部短缩的严重程度。在严重溃疡病中短缩可如此严重，使壶腹部靠近幽门。在这种情况下，在十二指肠切断时有可能损伤胆总管和壶腹部。有经验的医生将避免在遇到这两种不利于吻合的情况下施行胃窦切除术。我们在这种情况选择PGV。迷走神经干切断加胃空肠吻合(避免做幽门成形)是另一选择，但该手术可造成倾倒综合征和腹泻等不满意的后果。
1.穿透性胃溃疡 穿透性良性胃溃疡的手术选择是毕Ⅰ式胃窦切除术。这种溃疡的基底通常是大的且是胰腺。在施行胃窦切除，不分离溃疡基底，锐性解剖分离围绕穿透边缘的胃。在Ⅰ型溃疡，前瞻性试验结果显示远端胃切除再加迷走神经干切断并不减少长期复发率。故胃窦切除已足，除非是幽门前溃疡，不需增加迷走神经干切断。幽门前溃疡患者常有类似DU的胃酸分泌情况，增加迷走神经切断有利于防止复发。
2.穿透和胆道瘘 当瘘管形成于DU和胆囊或胆总管间，迷走神经干切断合并胃窦切除，用胃空肠吻合旷置瘘管可有效地治疗溃疡病。然而这个方法只能用于近端十二指肠可横断而十二指肠残端闭合是安全的患者。若不能时，用胆囊切除直接处理瘘管，胆总管T形管引流，闭合十二指肠瘘管。并再用大网膜敷贴加强，采用PGV或迷走神经干切断合并空肠吻合。
3.胃结肠瘘 良性胃溃疡引起的胃结肠瘘最好的治疗是用一期胃窦切除合并侵及的横结肠切除，作胃十二指肠吻合和结肠结肠对端吻合。术前需要机械性和抗生素肠道准备。除非在偶然合并脓肿时需作结肠造瘘。
4.胃空肠结肠瘘 胃空肠结肠瘘患者常有营养不良。术前准备需全肠外营养，广谱抗生素以控制腹泻，H2受体拮抗剂或质子泵阻断剂治疗。并给充分肠道准备，一期切除胃空肠结肠瘘，进行胃空肠或十二指肠吻合，空肠空肠吻合和结肠结肠吻合。过去胃空肠结肠瘘的手术治疗是分期手术，切断近端横结肠作结肠造瘘为初期手术以控制腹泻，待第二期手术再切除瘘。这方法不再需要，由于改善了术前准备，纠正水电解质和营养不足，使大多数患者施行一期手术是安全的。